1654年，应长崎的崇福、兴福诸寺住持的邀请，63岁高龄的隐元禅师率弟子东渡日本，在长崎登岸并于兴福寺担任住持。之后受日本天皇和德川幕府将军的护持，隐元禅师在京都宇治创立黄檗宗，成为日本禅宗三大宗派之一。
唐 贞元 五年， 正干禅师 传五祖 弘忍 之法，开创此山。 断际禅师 希运 住此，大振宗法。 希运 寂后， 临济 义玄 之门裔，大为繁兴。尔后， 黄檗 之道场与 临济 之宗风，一其盛衰，隆于 宋 ，废于 元 ，至 明 复兴。
崇祯 九年，
隐元 来住此山，中兴 黄檗 之道，后应 日本 僧人之请，于 南明 永历 八年东渡，在 日本 京都 建 黄檗山 万佛寺 ，遂为 日本 黄檗宗之祖。参见“ 临济宗 ”、“ 曹洞宗 ”。