始建于1866年的福州市第二医院，是福州市内建院最早的西医医院，是一所以骨科为龙头，集医、教、研、康复为一体的三级甲等医院，前身为英国皇家海军、英国领事馆合办的“海港医馆”；1887年易名为“塔亭医院”；1956年3月定名为“福州市第二医院”；2012年4月成为厦门大学非直属附属医院。医院开放床位1479张，为福州市急救中心、福州市创伤医学中心、福州市神经医学中心、福州市骨伤康复中心的挂靠单位；获批国家卫健委骨科专项能力培训教学基地，为全省唯一获批单位；为全国首批国家骨科与运动康复临床医学研究中心核心成员单位；被认定为福建省创伤骨科急救与康复临床医学研究中心；医院拥有市级质量控制中心14个，省市挂靠学会26个；拥有2个国家级中西医结合重点专科；2个西医类省级重点专科，6个中医类省级重点专科；4个西医类市级重点专科，11个中医类重点专科； 医院骨科创建于1958年，拥有床位617张，14个病区，形成以创伤骨科、关节外科、脊柱外科、小儿骨科、骨与软组织肿瘤科、运动医学科、手足显微外科、足踝外科、骨内科9个亚专业为重点研究方向及1个骨科基础研究所全面发展的模式。

2022年10月8日，由福州市第二医院与福州市妇幼保健院横向联合设立的福州市第二医院奥体院区在市妇幼保健院B楼7层正式揭牌开诊。

2023年6月19日，由福州市第二医院牵头，整合神经精神病防治院、妇幼保健院三家医院，成立福州市第二总医院。

2018年5月28日，入选中共福建省委文明办“福建省第十三届文明单位”拟表彰名单。

2020年11月，经福建省医保局与福州市医保局联合专案组调查，发现福州市第二医院超声科医师对患者审核不严造成冒卡就医等违规行为，涉及医保基金37478.56元。

依据《福州市基本医疗保险违规行为查处办法》，当地医保部门处理结果如下：1、分批次暂停该院林某、彭某某、高某某等9名医师医保服务支付资格3个月；2、对于本案涉及超过行政处罚规定2年时间的参保人，给予追回冒卡基金处理；对于个别参保人多次冒卡的，给予追回违规基金、列入重点监督名单及改变医保结算方式处理；3、追回该院违规结算的医保基金等。该院违规结算的医保基金37478.56元已全部退回。