石林寺始建于万历元年1573年，是由无用和尚结茅为庵，肇始开基，经清康熙、乾隆、咸丰年间多次维修扩建，到清末已有僧侣百余人，成为粤东四大名寺之一（与潮州开元寺、梅州阴那山灵光寺、莲花山莲花寺齐名）。到了20世纪40年代，这座石林寺已湮没，1995年重新开放修复，现已形成一定规模。

自古有云：“天下名山僧占多”，“山不在高，有僧（仙）则名”，

传说，石林寺是由平远县河头镇人“如愚”祖师所创。如愚祖师在俗时姓刘，生有五个子，家中富有，颇有钱财。儿子长大后都分了家，并各自有家室，祖师丧偶独居。有一年过年的除夕之夜，祖师想，过年了，不用自已烧火做饭，儿子们会来叫父亲去吃年夜饭的。但是，结果却没有一个儿子叫吃饭。到了晚上八九点钟了，几个孙子过来向祖师讨利是（红包）时，便顺口问：

“阿公，吃了饭没有？”祖师说：“现在还有谁未吃？连狗也吃了”。说完便连夜带着巨款来到五指石山下当和尚，建石林寺。祖师觉得自已多子多钱都无用，便化名“无用”，叫无用禅师，又因时俗不能行道、尊德，如若愚顽，遂又取法号“如愚”。祖师建寺时已年过半百。

现寺内有镇寺“三千斤”之称，即有生铁所铸的佛像、大钟、香炉鼎各均重一千斤。原寺的大门联为：

石室不须金锁闭

林园自有白云封

过去，每年的重阳庙会，这里便是闽、粤、赣三省香客、游 人云集之地，热闹非凡。清朝有一礼部尚书黄锦曾到此游山问禅，并题诗作赋：

石林高几许，金刹隐中峰。

白日空山梵，清焱静夜钟。

小窗扶嫩壁，危蹬依长松。

坐听无师语，何时锡杖从。

为弘扬佛法，导人向善，净化社会环境，1980年代中梅州灵光寺的释瑞基住持受平远县领导和当地社会贤达的邀请，披荆斩棘、重修石林寺，在梅州市梅县区温玉珠居士及各界人士的襄助下，草创初成，2003年12月15日举行了盛大的开光典礼，现石林寺拟规划建设成闽、粤、赣三省最大规模的丛林道场，望各地善信，能前来护法、加持。