瞿昙寺（qú tán sì），位于青海省海东市乐都区城南21公里处的马圈沟口，面朝瞿昙河，背靠罗汉山，北依松花顶，南对照碑山。藏语称“卓仓拉康果丹代”，又称“卓仓多杰羌”，意为“卓仓持金刚佛寺”，始建于建于明洪武二十五年（1392年），是一座藏传佛教格鲁派寺院。该寺因所藏珍贵文物以及巨幅彩色壁画而闻名。瞿昙寺是典型的明代早期的官式建筑群。历史上瞿昙寺曾领属十三寺。

瞿昙寺始建于明洪武二十五年（1392年），三罗喇嘛三丹罗追在其驻地官隆洞兴建了一座小佛堂，佛堂内供奉持金刚，并派人赴南京请求明朝朝廷护持。

洪武二十六年（1393年），明太祖朱元璋赐名“瞿昙寺”，并任命三丹罗追为西宁僧纲司都纲。明朝初年的四位皇帝（明太祖、明成祖、明仁宗、明宣宗）先后下了7道敕谕，派太监率工匠历时36年修建完成瞿昙寺。其中，明朝永乐年间，明成祖下令扩建瞿昙寺，并且用行政命令扩大了该寺上层僧人的宗教首领地位及经济特权。明仁宗、明宣宗进一步扩大了该寺的政治经济特权。

明朝宣德二年（1427年），仿北京紫禁城太和殿的瞿昙寺隆国殿完工，瞿昙寺的规制更加宏伟。明朝初年，朝廷封瞿昙寺创寺僧人三罗喇嘛（即三丹罗追）为大国师，授西宁卫僧纲司都纲，并封土地、划林地，派兵保护寺院，连年布施及赏赐宝物，使瞿昙寺成为安多政教合一的大寺，是明朝同青海藏区进行联系，推行“抚边”政策的枢纽。

瞿昙寺的僧众到明朝末年达到500多人，清朝末年为300多人，1949年前夕为60多人。1958年前夕，该寺仅余18户34人（其中活佛2人（智合仓活佛仓成善、卓仓居巴仓活佛梅居巴），完德12人）。瞿昙寺内设有时轮学院。

1958年后，瞿昙寺成为青海省获得保留的11座藏传佛教寺院之一。

文化大革命期间，瞿昙寺被关闭，直到1980年重新开放。

1982年2月，瞿昙寺被国务院公布为第二批全国重点文物保护单位。

瞿昙寺是乐都南山地区最大的寺院。位于乐瞿昙寺都县境内距县城25公里的瞿昙乡，寺院选建在雄浑而清幽的风水形胜之地，沿着南向偏东的轴线布局，背倚罗汉山，前临瞿昙河，面朝凤凰山，远可望雪山，同自然环境有机和谐地融成一体。寺院原围有土城，形势险固，可惜仅存残垣断壁。

寺院建筑基本采用汉式庙宇形制，占地15000平方米，建筑面积约10000平方米，全寺由前、中、后三进院落组成，并在一条中轴线上。从山门起的的中轴线上，依次为山门、金刚殿、瞿昙殿、宝光殿、隆国殿等大型宫殿式建筑，两侧则对称地建有御碑亭、小钟鼓楼、回廊、宝塔、配殿、经堂、大钟鼓楼等。其中，前区基本呈汉地佛寺“伽蓝七堂”格局。后区巍峨壮丽，冠于全寺的隆国殿，两翼有呈向上朝拱之势连缀抄手斜廊，还有造型端庄的大钟楼和大鼓楼对峙左右，则明显仿自明代北京紫禁城的奉天殿（太和殿）和两翼抄手斜廊以及文楼（体仁阁）、武楼（弘义阁）的布局意象。金刚殿是前中后殿的分界和过道，面积约110平方米，采用梁柱结构，不施斗栱。瞿昙殿居中院前部，面积为170平方米，平面布局。前设有比较深的半敞式抱厦三间，而其他三面则为封闭式回廊，是比较典型的喇嘛寺院的格局。

瞿昙寺位于略呈正方形的城堡内，该城堡为土城，名为“新城”。寺院占新城面积的三分之二，分为前、中、后三进院落。寺院坐西北朝东南，中轴线上主要建筑依次为：

瞿昙寺现存明朝汉藏文对照御制碑以及明清匾额十块，明朝宣德二年所铸青铜大钟一口，香炉三鼎，明钹、象牙佛珠、檀香木佛珠，米拉日巴石雕像，明清皇帝所赐的金印、景泰蓝花瓶、象牙塔等许多珍贵文物。该寺左右迥廊的壁画大约四百平方米，主要为佛本生故事。寺内还珍藏着《甘珠尔》、《丹珠尔》、《宗喀巴大师文集》等佛经及著作三百多部，并有迎请自印度的舍利近百颗，供奉在佛塔内。瞿昙寺现存文物中最引人注目的是“象背云鼓”。那是一只石雕卧像，背上托起木雕的叠云，叠云架起一面真鼓。石象高约1米，周5.3米。石象回首顾盼，鼻卷莲花。

据寺碑记载：明代以前，在乐都区南山坳里背山面水的地方就建有庙宇。公元1392年（明洪武二十五年），朱元璋派兵到青海北部一带追剿元兵残部，当地藏族人不明情况也跟着乱跑，形成混乱局面，三罗喇嘛凭借声望写信招抚，是藏族部众归顺了明王朝，这件事不仅使得青海地区结束了改朝换代造成的混乱局面，也使得朱元璋认识到了以三罗喇嘛为代表的宗教势力和在青海地区的作用和地位。公元1393年，三罗喇嘛去南京进贡并请求对他的寺院给予护持和赐名，其实在当时来说就是一座小小的佛堂而已，因寺院主三罗藏拥护明朝，朱元璋皇帝御赐题为“瞿昙”的金匾，并且下令拨款建寺，这就是瞿昙寺得名的由来。从此，这座庙宇便定名“瞿昙”。十五世纪初的明永乐年间，朱棣皇帝又赐三罗藏之侄班丹藏卜“顶净觉宏济大师”头衔，令其主持寺院，提高了寺院地位。经明朝洪熙、宣德两代的扩建，使瞿昙寺有了较大的规模。

瞿昙寺原来属于藏传佛教噶玛噶举派寺院。明朝末年，格鲁派兴起后，瞿昙寺改宗格鲁派，出现智合仓、卓仓曼巴仓、卓仓居巴仓三个活佛转世系统。其中，智合仓活佛系统将瞿昙寺的创建者三丹罗追追认为第一世，历世智合仓活佛为该寺寺主。实际上，智合仓活佛的转世系统开始于清朝康熙年间获封为“灌顶净觉弘济大国师”的班觉丹增。二世智合仓活佛罗桑丹贝尼玛、三世智合仓活佛噶桑丹增嘉措、四世智合仓活佛罗桑噶桑嘉措曾先后出任塔尔寺第三十六任、第五十六任、第七十六任法台。卓仓曼巴仓活佛系统的罗桑贡却尼玛曾任塔尔寺曼巴扎仓第十五任堪布。卓仓居巴仓活佛系统的噶桑扎西嘉措曾任塔尔寺居巴扎仓第三十九任堪布及塔尔寺第五十任法台。到1949年前夕，瞿昙寺的三个活佛系统仅余智合仓、卓仓居巴仓两个活佛系统，而卓仓曼巴仓活佛系统已经消亡。

“花儿”是流传于我国西北部民间的一种山歌，亦称“少年”，主要流传于甘肃、青海、宁夏与新疆等省区，在回、汉、东乡、保安、藏、裕固等民族中广泛流传，被誉为“大西北之魂”、“活着的《诗经》”。2006年，经国务院批准，被列入我国首批非物质文化遗产保护名录。瞿昙寺“花儿会”演唱曲令有《碾伯令》、《白牡丹令》、《尕马儿令》、《水红花令》、《三闪令》等。它的最大特点是两个阵营的对歌。瞿昙寺“花儿会”是研究大型民俗活动与地方文化发展关系最好的典型个案。

桑杰扎西：瞿昙寺创始人，宗教高僧。

班觉丹增：第一世（不计追认）智合仓活佛，清朝康熙年间获清朝封为“灌顶净觉弘济大国师”。

阿旺宗哲（班觉丹增其侄）：被封为“灌顶净觉弘济大国师”。雍正元年，罗卜藏丹津反清，瞿昙寺受牵连，寺主阿旺宗哲被清朝囚禁于兰州七年，清朝所赐的印诰也被收回。此后，瞿昙寺逐渐衰落。

海喇嘛：瞿昙寺开创者第一世智合仓，并成为该寺寺主。

智合仓活佛（仓成山）：现任寺主，青海省平安县人，1984年出家，师从却藏活佛、却西活佛，毕业于青海民族学院。曾任平安县政协秘书长，现任青海省佛教协会理事。

西宁汽车站（火车站对面）乘到乐都的长途客车，路程80公里左右，票价10元左右，每20分钟左右一班；乐都到瞿昙寺有班车，车程30分钟，单程5元。

位于青海省乐都区曲坛乡所在地，南距县城约17公里。

2024年9月，有网友吐槽青海海东市乐都区瞿昙寺屋檐修复引关注。9月29日，瞿昙寺文管所相关负责人称，施工方是根据史料等进行颜料调色，参照国内所有古建筑的蓝本和瞿昙寺历史记载进行配色，依据法规和技术参考，不是天马行空、异想天开地修复。修缮是为了更好地保护和研究，起到防蛀防腐的作用。