皇居是
天皇平时居住的场所。现在所说的皇居是指曾命名为“
宫城”的东京江户城旧址一代，是
室町时代太田道灌所建造，“宫城”这个名字于
第二次世界大战后废止，并改名为“皇居”，英文名 是：The Imperial Palace。皇居由“御所”（天皇居住的地方）、“宫殿”（各种公共仪式及政务的举行场所）和宫内厅（日本的一个行政机关）等组成。
位于京都的皇居曾被称为
京都御所、禁裹、内裹等。
明治维新之后迁都东京，按照天皇的指示将京都的皇居命名“京都皇居”，英文名：Kyoto Imperial Palace。其中保留了代表
平安时代建筑风格的
紫宸殿（正殿）和常御殿（日常生活的地方）等。
皇居的称呼有很多，比如：内裹、御所、大内、大内山、九重、宫中、禁中、禁裹、百敷、紫庭、皇宫、
皇城、宫城、蓬洞、大宫、云上、云居等等。
“宫”在日语中是“家”加上
敬语后形成的词汇（宫（みや）=敬语（み）+家（や））。这是对身份高的人的住所的一种尊敬，后来逐渐演化成天皇和皇族居住的宫殿的意思。古代每代天皇居住的宫殿都不一样，皇居就是对这些宫殿的总称。《
古事记》和《日本书记》中有从公元4世纪到公元6世纪，很多宫殿都建造在
奈良盆地东南部的记载。
从公元592年继位的
推古天皇（豊浦宫）到公元694年
持统天皇迁都
藤原京为止的约100年里，奈良以南的飞鸟（今
奈良县高市郡明日香村附近）一带因为宫殿集中而被称为“飞鸟京”，其中包括了小垦田宫（603~630年）、飞鸟冈本宫（630~636年）、飞鸟板盖宫（643~655年）、后飞鸟冈本宫（656~672年）、
飞鸟净御原宫（672~694年）等。这些宫殿中，公元7世纪以后建造的都有着以南面为正面的特征。
平安京是在794年（延历13年）
桓武天皇建立的。960年（天德4年）内裹遭大火烧毁，冷泉院成为内裹重建前的暂时皇居；976年（真元元年）内裹再次受灾，
藤原兼通府邸中的堀河殿被暂定为皇居。后来平安京内裹又有多次遭受火灾，这种情况下一般都将摄关（摄政大臣和代替天皇处理政务的大臣的统称）或外戚等大臣的府邸作为暂时的皇居供天皇居住，这种暂时的皇居被称为“里内裹”。到了平安时代末期，以里内裹作为皇居已经是经常的事了。1227年（
安贞元年），宫城再次被烧毁后没有重建内裹，天皇则定居于里内裹。1331年（元弘元年），日本正处于南北朝时代，北朝的
光严天皇在土御门东洞院殿继位，从此这座宫殿就被指定为内裹，被称为“土御门内裹”，也就是现在的
京都皇居的前身了。
1868年（明治元年），
明治天皇行幸东京，入江户城并将其改名为“东京城”；1869年（明治2年）明治天皇二次东幸并从此定居东京，因此修建东京皇居并保留至今。