明清时期为嘉兴府附郭县中的首县（另一附郭县为嘉兴县），县域范围与今嘉兴市秀洲区相当，还包括今嘉兴环城河内老城区，以及桐乡市濮院镇东北部。

秦时置由拳县，属会稽郡。

东汉属吴郡。吴黄龙三年（231）“由拳野稻自生”，吴大帝孙权以为祥瑞，改由拳为禾兴，赤乌五年（242）改称嘉兴。仍属吴郡。

两晋、南北朝因之，五代吴越时嘉兴县改属杭州，后又于基地置秀州。吴越国在嘉兴设置开元府，领嘉兴、海盐、华亭3县，是为嘉兴首次设州府级政权。后晋高祖天福五年（940），因吴越王钱元瓘 之奏请，于嘉兴置秀州府。

北宋改秀州加号嘉禾郡，南宋宁宗庆元元年（1195）升郡为府，后改嘉兴军。

元世祖至元十三年（1276）改嘉兴军为嘉兴府安抚司，旋升为嘉兴路总管府。

明宣德四年(1429年)，按察使胡槩（原名熊概，字元节，江西省南昌府丰城县人，永乐九年进士）奉命巡视嘉兴府。他观察到嘉兴府年缴纳税粮八十五万余石（约合5.3万吨），远超一般的州府，且“课程军需等项视他府加数倍”，而其下只领了嘉兴（大）、海盐、崇德三县，政繁事冗不利于地方治理，于是向朝廷提出了“增设县治、建官分理”的建议。

明宣德五年(1430年)，嘉兴府所辖三县开始正式调整行政区划，析嘉兴县（大）西北境置秀水县，县名“秀水”二字来源于名为“秀水”的河流，相传“邑旧有秀水，世传间岁天和景明则水漾五色，士予见多擢第，仕者美迁，常人亦获庆也”。如此美好的寓意，不仅成为秀州之“秀”的开端，也成了秀水县之“秀”的来源。县治由吏部员外郎李亨卜之，知县赵忠始建于府治子城西北一里处（宋仁寿寺址，80-90年代的卫校所在处），与嘉兴府治、嘉兴县（小）治同城而治，形成了一城三治的格局。自此，嘉兴府领秀水、嘉兴（小）、嘉善、海盐、平湖、崇德、桐乡7县，称“一府七县”，此后近五百年内嘉兴府县体制基本未再有大的变动。

清宣统元年(1909)始倡自治,将秀水县划为16个自治区,麟瑞、思贤两乡自此解体,原域改设澄溪(油车港)、池栖(池湾、栖真)、玉溪(马厍汇)、渠东(上睦港)四个自治区。现杨溪村则属廉让自治区,现古窦泾一片属塘汇自治区。

清宣统三年(1911),清政府紧缩机构，凡府城所在地设两县者一律合为一县。据此，秀水县复并入嘉兴县，但自治区建置不受影响。

民国元年（1912）废嘉兴府，并嘉兴、秀水2个县为嘉禾县，隶属浙江省。

民国3年（1914），设置钱塘道。时因与湖南省嘉禾县同名，复称嘉兴县，直隶钱塘道。其建置及县名相沿至1949年解放。

1949年5月7日嘉兴解放，分设嘉兴县、嘉兴市，后撤并频繁。

1983年7月，国务院发文撤销嘉兴地区行政公署，分设地级嘉兴市、湖州市。嘉兴市并分设城区、郊区。1993年11月，嘉兴城区更名为秀城区；1999年6月21日，嘉兴郊区更名为秀洲区。2005年5月20日，秀城区更名为南湖区。

由于析地置县的调整，原来的嘉兴县（大）被分割成了三个县：秀水县、嘉兴县（小）、嘉善县。嘉兴府城内的治所（政府驻地）原来有嘉兴府治和嘉兴县（大）治两个治所，析地置县后嘉兴府城内则有嘉兴府治、秀水县治和嘉兴县（小）治三个治所。后世之人若不注意嘉兴县（大）和嘉兴县（小）的区分会造成很大的舛误。根据明宣德五年(1430年)按察使胡槩在析地置县的时“画城中地尽隶秀水”与明万历二十四年(1596年)兵备道汤日昭议申三院的申议“但郡城以内尽秀水辖地，而嘉兴仅寄隅一县治其间”，可知嘉兴府城尽归属秀水县界内，嘉兴县（小）只留县治与县学在府城内，秀水县辖十五坊，包括府城内的全部十坊，还有府城外西北附郭的五坊，因此祖辈出生于此十五个坊的居民籍贯可写“秀水县”；而嘉兴县（小）辖的九坊，皆在府城东门外，这九个坊的居民籍贯只可填写“嘉兴县（小）”，不可填“秀水县”。

发达的商品经济为蚕桑文化发展打下根基如今的秀洲区桑蚕产业发达，新塍、王店等镇是传统桑蚕养殖基地。追本溯源，秀洲区蚕桑文化厚度之深，早在明清时期秀水县便已打下了根基。过去的江南，蚕桑业发达程度决定了当地的富裕程度。明清时期秀水县经济发达，较之同为嘉兴县更甚，正是源于其发达的蚕桑业，而这与秀水县的圩田运作情况有着紧密关系。

圩田是杭嘉湖平原水乡农业开发的关键性技术，。早在唐至五代时期，嘉兴地区积极开挖以运河为骨干的水网，并营造湖塘圩田系统与塘浦圩田系统。开挖后的圩田中，低田适宜种植稻谷，圩岸和高地适宜种桑树，从而为后世养蚕和丝绸产业发展提供充分条件。“过去，用作种水稻的土地称为‘田’，用作种桑树的土地称为‘地’。秀水县西南方地势较高，故曾经建设、洪合、高照一带适宜种桑的‘地’比较多，桑园面积大，蚕桑产量高。”即使在上世纪80年代，洪合、八字、高照等地还存有数千亩高质量的桑园。

在秀水县蚕桑与丝绸业大镇中，较为特殊的是地处北部的王江泾镇。由于地形多为湿地且地势较低，当地桑树数量少，制丝原料都从南部各镇引进。早在宋元时，王江泾镇便已有丝绸生产和贸易，到明代逐渐形成丝绸贸易集镇。当时，王江泾周边东至南汇及嘉善天凝，西至新塍桃园，方圆80平方公里内“多织丝缟之利”，产品均经王江泾镇集散，商贸兴盛，遂成“衣被天下”的丝绸贸易名镇。据明代《秀水县志》载，王江泾镇“居者可七千家”，镇民“不务耕织”，居民以经商为业。

除王江泾外，濮院也是秀水县丝织业发达镇之一，它们与陡门、新塍一并称为明万历年间“秀水四大镇”。“王江泾、濮院、新塍等大镇蓬勃生长，正是基于商品经济的大发展。”在明清时期，秀水县具有发达的农业和以纺织业为主的手工业，有大运河以及运河为骨干的水网系统带来的交通优势，这些因素结合在一起，为本地商品经济的繁荣提供了充分条件，也使得当时的秀水县成为了中国乃至世界商品经济最发达的地区之一。明清时期的新塍镇已是秀水县四大镇之冠，并成为当时嘉兴府西北区域内经济、交通、文化的中心。据记载，明代时秀水县新塍、王江泾、濮院从事商品生产与经营的人占总人口的三至四成，可见当时秀水县商品经济发达程度令人惊叹。

秀水县与今秀洲区管辖范围相仿、产业民俗活动一脉相传，两者有着无穷的联系性。每年正月十五元宵节，秀洲区新塍镇都会举行元宵民俗文化节系列活动。在2018年的新塍元宵灯会上，一盏大型鳌山灯首度亮相，场面蔚为壮观，吸引了大批游客打卡合影。这元宵灯会与鳌山灯，正是脱胎于当地历史上赫赫有名的新年民俗活动——鳌山灯会。据记载，鳌山灯会始于清代，时称“水嬉”。所谓“鳌山”原系灯会灯景之一，因有五百盏花灯缚扎成一座“山”，形似传说中的巨鳌故名。与灿烂的经济成就相比，秀水县的人文民俗特色同样不遑多让。不少民俗活动传承成为秀水县珍贵的人文瑰宝，研究古代秀水民众日常生活提供了宝贵的素材，同时也为当代秀洲老百姓节日中增添了几许乐趣滋味。

明清时期的秀水县诸多民俗文化中，最闪亮的莫过于运河民俗文化。苏州塘上的王江泾与杭州塘上的陡门是秀水县运河民俗文化的两大中心。其中，陡门在每年清明期间都会举行划船会，又称闹清明，是历史上陡门运河两岸每年规模较大的活动。随着陡门消失在历史长河中，如今秀水运河民俗文化的实际载体以王江泾长虹桥、一宿庵、刘王庙为代表，而国家级非遗江南网船会则是秀水运河民俗在当代的直接体现。每年清明和中秋时节，秀洲区及江浙沪周边的船民和渔民都会一如既往驾船汇聚于东莲泗荡，进行祭祀、会亲、娱乐、交易等活动，正如数百年前秀水县先祖们那般乐此不疲。

除了运河民俗文化外，秀洲区各地由秀水县时期传承而来的民俗活动还有很多，时间大抵在春节前至清明前。其中，清明时的民俗活动一般与农业及蚕桑生产有关，例如三月初三祭蚕、清明前一夜称清明夜、四月“蚕关门”、十二月十二蚕生日等。

秀水县与今秀洲区在管辖范围上的异同

明清时期嘉兴环城河内的老城区隶属于秀水县界内，如今属于南湖区（原秀城区）；濮院镇东北部属于秀水县称为“秀属濮院”，如今整个濮院镇都归属于桐乡市管辖；增其三，则是增加了王店镇等区域。历史上王店、建设、蚂桥以及洪合东南部都属于嘉兴县，如今则归属于秀洲区。

秀水县域为平原区，地势低平、人工地貌多、河湖密布，平原被纵横交错的塘浦河渠所分割，田、地、水交错分布。