它来源于未经处理的城市
生活污水、造纸污水、
农业污水及都市垃圾。死亡
有机质能消耗水中溶解的
氧气，危及鱼类的生存；还能导致水中缺氧，致使需要氧气的微生物死亡。而正是这些需氧微生物能够分解有机质，维持着河流、小溪的自我净化能力。它们死亡的后果是：河流和溪流发黑、变臭，毒素积累，伤害人畜。
这些化学药品来源于化工厂、药厂、造纸厂、印染厂和制革厂的废水，以及建筑装修、干洗行业、化学洗剂、农用杀虫剂、除草剂等。绝大部分有机化学药品有毒性，它们进入江河湖泊会毒害或毒死水中生物引起
生态破坏。一些有机化学药品会积累在水生生物体内，致使人食用后中毒。被有机化学药品污染的水难以得到净化，人类的饮水安全和健康受到威胁。
含磷洗衣粉、磷氮化肥的大量使用容易造成
磷污染。磷能够引起水中
藻类疯长。因为磷是所有的生物生长所需的重要元素；它还会导致湖中细菌大量繁殖。 磷也是鱼类甚至湖泊的杀手。大量增殖得细菌消耗了水中的
氧气，使依赖氧气生存的鱼类死亡，随后细菌也会因缺氧而死亡，最终是湖泊老化、死亡。磷还可对热带地区的海滨水域造成与上述情况相似的
水体富营养化的威胁。
大多数家庭和餐馆大量使用的各种
洗涤用品都是石油化工的产品，难以降解，排入江河中不仅会严重污染水体，而且会积累在水产物中，大量进入人体后会出现中毒现象。
重金属（汞、铅、镉、镍、硒、砷、铬、铋、钒、金、铂、银等）污染 它们主要来源于采矿和冶炼过程、工业废弃物、
制革废水、纺织厂废水、生活垃圾（如电池、化妆品）。这些重金属对人、畜有直接的生理毒性。
酸类主要来源于煤矿、金属（铜、铅、锌等）矿山废弃物以及向河流中排放酸的工厂。 酸类可毒害水中植物，引起鱼类和其它水中生物死亡，严重破坏溪流、池塘和湖泊的
生态系统。
土壤流失、向河流倾倒垃圾都会造成大量
悬浮物。这些悬浮物大大降低了水质，增加了净化水的难度和成本。
从水上机动
交通运输工具中以及由于油船泄漏进入水中的油类物质能破坏水生生物的生态环境，使渔业减产，还会污染水产食品，危及人类健康。海洋上油船的泄漏会造成大批
海洋动物死亡。
由于船舶配货的需要，要从世界范围内不同地区的不同港口进行排放或者打入压载水来调节船舶的稳性，不同地区的水域中的微生物到达一个新的水域可能会造成食物链的破坏，会使一些生物过度繁殖，成为灾害