毛继祖出生在毛氏丰见城殿内家族，为丰见城殿内五世当主。原授东风平间切比嘉地头。1592年，首里西侧谢名一族发动叛乱，
尚宁王派毛继祖与毛凤仪（池城亲方安赖）、金应照（摩文仁亲云上安恒）围攻其宅。平叛后，因功升紫冠。1602年，毛继祖奉命为王舅，与长史蔡朝信一起赴中国朝贡，同时庆祝明朝册立东宫、并送还漂流到琉球的人口。翌年继领其父盛章的丰见城总地头职。
1606年，
夏子阳、王士桢率册封船队到达琉球，册封尚宁王。当时倭寇猖獗，骚扰琉球沿岸。为保障册封大典的正常进行，尚宁王遣毛继祖率一千余人前往北山，防御倭寇。
1609年，
萨琉战争之际，三司官
马良弼奉命前往北山，被萨摩军队俘虏。毛继祖被任命为代理
三司官，同
郑迵（谢名亲方利山）一起镇守
那霸港；他也参与了于亲见世举行的和谈。在萨摩军队围攻
首里城期间，毛继祖的府邸遭萨摩足轻众的焚毁。尚宁王被掳往
鹿儿岛时，毛继祖同马良弼、金应照一起被留下镇守首里城。
1614年，马良弼致仕，毛继祖继任三司官之职。同年，为国质之事，遣毛继祖出使萨摩藩。1616年归国。1617年，再为王舅，与正议大夫蔡坚（喜友名亲云上）一起出使明朝，要求继续朝贡，但被明朝以“琉球新经残破，财匮人乏”为由拒绝，要求十年之后再进贡。