此类溶酶体中含有水解酶和相应的底物，是一种将要或正在进行消化作用的溶酶体。根据所消化的物质来源不同， 分为
自噬性溶酶体、
异噬性溶酶体。
次级溶酶体（secondarylysosome）是含水解酶及相应底物，以及水解消化的产物，也即正在进行或已经进行消化作用的囊泡。所以，次级溶酶体又称活动性溶酶体（active lysosome）或消化泡（digestionvacuole）。其分布较广，形态具有多样性。
一是与
食物泡融合，将细胞
吞噬进的食物或致病菌等大颗粒物质消化成生物大分子，残渣通过外排作用排出细胞；
二是在
细胞分化过程中，某些衰老细胞器和生物大分子等陷入溶酶体内并被消化掉，这是机体自身重新组织的需要。位于细胞质内、被单位膜包围、呈球形的细胞器。
其大小随细胞类型不同而异，直径为0.2至数微米。已知溶酶体内含50余种酸性水解酶（如脂酶、蛋白质水解酶、硫酸酯酶等）。它广泛存在于动物、原生动物细胞中，
植物细胞中有类似溶酶体的细胞器。通常将溶酶体分为初级溶酶体和次级溶酶体。一般认为，溶酶体酶在粗糙型内质网中合成，被运输至高尔基体经加工包装后，从高尔基体
扁平膜囊分泌面（亦称反面、成熟面）出芽脱落，形成内含溶酶体酶类的小泡（即初级溶酶体），与胞内体（endosome）或吞噬泡融合形成次级溶酶体（亦称消化泡），进行消化作用。现已提出另一见解，即不赋予初级与次级溶酶体之概念，将溶酶体前体（prelysosome）称为内溶酶体（endolysosome）。
（1）异生性溶酶体（het- erolysosome），系指不能透过质膜的
大分子溶液或病毒、细菌等，前者通过胞饮作用（其中也包括受体介导的内吞作用）形成的胞饮泡（或胞内体），后者通过吞噬作用形成的吞噬泡，分别与初级溶酶体（或内溶酶体）融合后形成次级溶酶体（或溶酶体）。
（2）自生性溶酶体（autolysosome）或自噬溶酶体（autophagolyso- some），系指包围了部分被损伤或衰老细胞器（线粒体、内质网碎片等）的自体吞噬体（autophagosome）与初级溶酶体（或内溶酶体）融合后形成的次级溶酶体。其消化的物质是内源性的。内含不能被消化的残留物质的次级溶酶体被称为残留小体。残留物质有的可排出，有的长期贮留在细胞内不被排出。溶酶体在
细胞内消化中起关键作用，被消化后的营养物质如氨基酸、糖等通过溶酶体膜进入细胞质，参加正常细胞代谢被吸收利用。此外，通过异体吞噬作用消化分解细菌、病原体等，故具有防御功能；通过
自体吞噬作用，以自身物质作为营养，应付外界不利条件，避免自身永久性伤亡；通过自溶作用（autolysis）清除发育过程中退化细胞、器官及死亡细胞，保证细胞正常生长与发育。精子顶体是特化的溶酶体，通过释放内部消化酶，清除卵细胞的外被与附着的
滤泡细胞，卵细胞与精子质膜相互融合，使精子进入卵细胞完成受精。已知40余种疾病与溶酶体中缺乏某种酶有关，如先天性储积病等；又如矽肺的形成、
类风湿关节炎等与溶酶体膜损伤、溶酶体中酶释放有关。
1.溶酶体的病理性贮积过程在某些病理情况下，一些内源性或外源性物质可在溶酶体内贮积，使病酶体增大和数目增多。 贮存在溶酶体中的物质被溶酶体酶加以降解（消化）。但有时进入细胞的物质为量过多，超过了溶酶体的处理能力，于是乃在细胞内贮积，例如各种原因引起的蛋白尿时可在肾近曲小管
上皮细胞中见到玻璃滴状蛋白质的贮积（所谓玻璃样小滴变性）。在电镜下可见这种玻璃样小滴乃载有蛋白质的增大的溶酶体，故实质上这往往是细胞功能增强的表现，与真正的变性有所不同。一些在正常情况下可被消化的物质如糖原和粘多糖等，当溶酶体有先天性酶缺陷时，也能在溶酶体中堆积，如Ⅱ型
糖原贮积病（Pompe）病。
2. 溶酶体在细胞自溶过程中的作用溶酶体因含有许多种水解酶，故在细胞的自溶过程中起着重要的作用。在溶酶体膜损伤及通透性升高时，水解酶逸出，引起广泛的细胞自溶。这就是活体内
细胞坏死和机体死后自溶的主要过程。在此过程中，受损细胞的大分子成分被水解酶分解为小分子物质。比细胞的广泛坏死或自溶更为重要的是溶酶体在细胞的局灶性坏死中所起的作用。此时在胞浆内形成自噬泡，在与溶酶体结合形成自噬溶酶体。如水解酶不能将其中的结构彻底消化溶解，则自噬溶酶体乃常转化为细胞内的残存小体，如某些长寿细胞中的脂褐素 3.溶酶体在
细胞间质损伤中的作用当溶酶体酶释放到细胞间质中时，同样发挥其酶解破坏作用。这在诸
类风湿性关节炎等炎症过程和肿瘤细胞侵入血管的过程中具有重要意义。但溶酶体酶逸出溶酶体进入细胞间隙的机制尚不十分清楚，可能由于溶酶体膜和细胞的失稳或通过出胞过程而实现的。因此，临床上可用溶酶体膜稳定剂治疗有关疾病。
根据内含物和形成阶段的不同，溶酶体一般分为
初级溶酶体和次级溶酶体两类。初级溶酶体来源于高尔基器，或近于高尔基器分泌面的光滑内质网的特化区，囊内仅含有水解酶。次级溶酶体是初级溶酶体与细胞内由吞噬或胞饮作用所形成的小囊泡，或与细胞器受损后的膜片等结构相融合而形成的。次级溶酶体经酶解后的残余物质称为残体或
终末溶酶体，即在
光学显微镜下所见的脂褐质等（见图）。