自噬溶酶体（autolysosome）又称胞溶酶体（cytolysosome），它是初级溶酶体与来自自噬作用（autophagocytosis）的含有内源性物质的囊泡即自噬体（autophagosome）融合或溶酶体吞噬细胞质而形成，在细胞内起“清道夫”作用。

细胞内由于生理或病理原因而被损伤的细胞器，或过量储存的糖元等，它们可被细胞自身的膜（如内质网或高尔基复合体的膜）包裹形成自噬体，自噬体与初级溶酶体接触，两者融合形成自噬溶酶体。

自噬性溶酶体也可以通过溶酶体本身的内陷，并包围一部分细胞质成分而成（但一般较少）。在自噬溶酶体内的内源性物质被溶酶体的酶消化分解的过程称为自噬。

自噬性溶酶体是一种自体吞噬泡, 作用底物是内源性的,即细胞内的蜕变、破损的某些细胞器或局部细胞质。这种溶酶体广泛存在于正常的细胞内，在细胞内起“清道夫”作用，作为细胞内细胞器和其它结构自然减员和更新的正常途径。在组织细胞受到各种理化因素伤害时，自噬性溶酶体大量增加，因此对细胞的损伤起一种保护作用。

自噬性溶酶体的作用底物是内源性的，即来自细胞内的衰老和崩解的细胞器或局部细胞质等。它们由单层膜包围，内部常含有尚未分解的内质网、线粒体和高尔基复合体或脂类、糖原等。正常细胞中的自噬性溶酶体在消化、分解、自然更替一些细胞内的结构上起着重要作用。当细胞受到药物作用、射线照射和机械损伤时，其数量明显地增多。在病变的细胞中也常可见到自噬性溶酶体。