初级溶酶体是刚刚从反面
高尔基体形成的小囊泡，仅含有水解酶类，但无作用底物，外面只有一层单位膜，其中的酶处于非活性状态。如果从细胞的分泌活动考虑，初级溶酶体是一种刚刚分泌的含有溶酶体酶的分泌小泡。初级溶酶体呈囊泡状，直径约0.2-0.5um,，由一层单位膜包裹。在电镜下，不同种类的细胞，甚至是同一种细胞中，其溶酶体的形态、大小和内部结构也往往随所处机能状态的不同而有明显的差异。
根据内含物和形成阶段的不同，溶酶体可分为两大类，具有均质基质的颗粒状溶酶体称为初级溶酶体（primary lysosome），含有复杂的髓磷脂样结构的液泡状溶酶体称为次级溶酶体（secondary lysosome）。属于初级溶酶体的溶酶体，具有肝实质细胞（肝细胞）的高电子密度的颗粒等。这种溶酶体虽含有水解酶，但是它是未进行消化作用的溶酶体。次级溶酶体（消化泡）是由初级溶酶体与细胞
吞噬作用所产生的吞噬体相互融合而成的，并且是已供给水解酶的溶酶体。在次级溶酶体中含有摄食的物质，并对其进行消化。消化后所残留的未消化物称为残余小体。一般认为，残余小体在变形虫等细胞中被排出细胞之外，但在其他细胞中，则长期留在细胞中，而成为
细胞衰老的原因。
直径约0.2~0.5um膜厚7.5nm，内含物均一，无明显颗粒，是
高尔基体分泌形成的。含有多种水解酶，但没有活性，只有当溶酶体破裂，或其它物质进入，才有酶活性。其水解酶包括蛋白酶，核酸酶、脂酶、磷酸酶、硫酸酯酶、磷脂酶类，已知60余种，这些酶均属于酸性水解酶，反应的最适PH值为5左右，溶酶体膜虽然与质膜厚度相近，但成分不同，主要区别是：①膜有质子泵，将H+泵入溶酶体内，以维持溶酶体内的酸性环境；②膜蛋白高度糖基化，糖链伸向膜内侧，可保护自身膜结构免受内部水解酶的消化降解；③膜上具有多种载体蛋白，用于水解产物向外转运。
内质网上
核糖体合成溶酶体蛋白→进入内质网腔进行N-连接的糖基化修饰，溶酶体酶蛋白先带上3个葡萄糖、9个甘露糖和2个
N-乙酰葡萄糖胺，后切除三分子葡萄糖和一分子甘露糖→进入高尔基体Cis面膜囊→N-
乙酰葡糖胺磷酸转移酶识别
溶酶体水解酶的
信号斑→将N-乙酰葡糖胺磷酸转移在1~2个甘露糖残基上→在中间膜囊由N-乙酰葡萄糖苷酶切去N-乙酰葡糖胺形成M6P配体→与trans膜囊上的受体结合→选择性地包装成初级溶酶体。
游离在细胞中的尚未执行其消化功能的溶酶体，即初级溶酶体(primarylysosome)，便与吞噬体或吞饮体接触，两膜融合，形成一个体积较大的消化泡，其中的溶酶体酶放出便将异物水解、消化。