国家为保护棉农的利益，对棉花进口实行配额制度。国内棉花进口实施配额管理制度，进口棉配额分两种：关税配额和关税外配额。进口棉配额是免费发放给企业的，每个企业获得分配的数量同企业规模和每年的棉花进口数量有一定的关系。

在每年公历年度的年初发放(即元旦后发放)，配额的有效期最多可延长至下一年的2月底。

关税外配额实施的是滑准税制度，根据财政部公布的2012年滑准税公式，使用滑准税配额的棉花进口税率略高于1%，进口棉价格在100美分以下的适用4%—40%的滑准税税率，进口棉价格越低，滑准税税率越高。滑准税发放的数量根据市场情况而定，滑准税配额的有效使用期限是当年的年底，过期作废。

根据国家政策的规定，进口棉配额是不允许买卖的，但在市场需求的驱动下，进口棉配额仍存在一个无形的市场，进口棉配额的价格综合反映内外棉市场的价差以及外棉的市场需求情况。

经国务院关税税则委员会审议，并报国务院批准，自2013年1月1日起，我国将对进出口关税进行部分调整。对关税配额外进口一定数量的棉花继续实施滑准税，并适当调整税率，主要是当棉花进口价格过低时，适用税率有所提高。

对配额外进口的一定数量棉花，适用滑准税形式暂定关税。

具体方式如下：

当进口棉花完税价格高于或等于14.000元/千克时,暂定从量税率为0.570元/千克；

当进口棉花完税价格低于14.000元/千克时，暂定关税税率按下式计算：

Ri=8.87/Pi+2.908%×Pi-1(Ri＜=40%)

其中:Ri-暂定关税税率，对上式计算结果小数点后第4位四舍五入保留前3位;

Pi-关税完税价格，单位为元/千克。

主要变化:将2012年公式中的常数8.23和3.235%变为8.87和2.908%.

棉花配额的申请期为每年的10月下旬发放机构为国家发改委授权机构负责本地区的配额申请，一般也是地方发改委去国务院争取在年底发放下年度的进口关税配额。