康熙十二年(1673年),平西王
吴三桂起兵反清,刘之复起兵响应,胁迫李芳述前往湖北,占据
夷陵(今
湖北省宜昌市)、
巴东一带与清军对峙。李芳述不愿反清,不久便找机会率领所部逃走,回到四川
叙州(今四川
宜宾)。当时李芳述的妻子儿女仍在大定,五年之后,李芳述才将妻儿接到叙州。吴三桂死后,其孙
吴世璠继位,派人任命李芳述为总兵,并让他从
巫山(今重庆市
巫山县)出兵进攻
郧阳(今湖北
十堰市)、
襄阳。李芳述接到命令后,仍留在
重庆按兵不动。
康熙十九年(1680年),
赵良栋从
白水江入川攻取
成都,李芳述率领重庆、
泸州、叙州所属州县文武官吏归顺清朝。赵良栋派遣李芳述移驻
永宁(今四川
叙永县),修筑城池,加强军备。不久,吴世璠派大将毛友贵等人率领数万兵马进攻永宁,李芳述率部迎战,击退吴军。不久,吴军派数千精兵趁夜间用云梯攻城,李芳述亲自指挥部队坚持抗战,歼灭吴军一千余人,并在阵前将吴军主帅毛友贵斩杀。吴世璠的部将
胡国柱、王邦图等人以
显武将军之职来招降李芳述,李芳述将吴军的委任状原封不动交给赵良栋。赵良栋奏报朝廷,朝廷下诏授任李芳述为随征总兵。
不久,吴军攻陷
仁怀、
合江。李芳述奉命撤离永宁,退守叙州。李芳述到叙州后,擒获吴军的探子,公开斩首示众,稳定军心。吴军大举来攻,李芳述率军在城外
真武山、
翠屏山之间设营防守,使得吴军无法前进。吴军于是撤军退到
马湖,打算从木川、
犍为突袭成都。李芳述知道吴军的这一计划后,事先派兵在犍为路上设下埋伏,大败吴军,斩杀大半吴军士兵,降服吴军将领夏升、罗应甲等人,并夺回百姓两千余人。李芳述因功升任
西宁总兵,从征云南。
康熙二十年(1681年),赵良栋命令李芳述作为前锋,从
洪雅、
荥经二县由经大象岭东面出兵,在关山击败吴军。当时胡国柱据守
建昌(今四川
西昌),得知关山、大象岭丢失后,便放弃建昌逃回云南。李芳述率军渡过
金沙江,会合赵良栋大军直取云南,攻陷
昆明,吴世璠城破自杀。
康熙四十年(1701年),云南总督
巴锡上疏弹劾
游击高鉴,其中牵涉到李芳述,李芳述亦上疏攻讦巴锡,康熙帝特派侍郎
温达前往调查,温达上奏李芳述包蔽下属应该叩掉他的俸禄,康熙帝特地下旨免予处罚。
康熙四十二年(1703年),湖南镇筸地区(今湖南
凤凰县南)暴发
苗民起义,李芳述奉命率军前往征剿,深入苗民腹地,平定叛乱。叛乱平定后,李芳述上疏建议朝廷说:“贵州地区苗人和汉人杂居,应当派遣熟悉少数民族情况的武将前往长期驻守。”此建议得到朝廷的同意。
康熙四十五年(1706年)四月,康熙帝下诏褒奖李芳述说:“李芳述镇守边境多年,统率军队得法。现在的老将之中,很少有人能与他相比。”于是加任李芳述为
太子少保、
镇远将军。
赵尔巽:“
蔡毓荣、
赵良栋将绿营直下云南诸行省,以战伐显者,如国祚辈,皆彰彰有名氏,而治都(
徐治都)、芳述功尤著。”
李芳述墓,亦称将军坟。李芳述死时,先葬于贵州。待其夫人马老太君逝世,后人将李芳述与马老太君一起迁葬今重庆市合川区
盐井街道观音村。
该墓坐东面西,系圆形封土冢,直径约10余米,无石质构件包砌,面积近100平方米,冢前墓碑由青石彻成,呈长方形,宽1.17米,高2.90米,厚0.20米,碑下为高0.37米的石砌须弥座,整座墓碑高大而庄严。墓碑边沿,以浅浮雕龙纹和水波纹装饰,墓碑中部阴刻正书“皇清诰授光禄大夫壮敏显考李公赞之府君,诰封一品夫人显妣李母马老太君之墓”等字样;墓碑左右下端两边落有题款,右边题款为“康熙五十二年岁次癸巳夹钟月吉旦”,左边题款为“乾隆十五年庚午岁嘉平月上浣长媳正皇旗宗室李门觉罗氏率处等重建”。