咸丰四年(1854),跟随胡林翼救援
湖北,攻克
岳州。跟随
塔齐布攻打
武昌,破敌于
洪山,于是隶属于塔齐布。战于
大冶、
半壁山、
田家镇、孔垅、小池口,攻打
九江,以勇猛著称。塔齐布去世后,跟随周凤山。周凤山兵败,隶属于
毕金科。
咸丰六年(1856),攻克
饶州,擢
千总。毕金科战死,朱洪章统帅他的军队。江西拒绝供给军饷,幸亏
张芾支持,军队才得以保存。又因会攻四十里街,其他将领战败,被弹劾,降任
把总。
咸丰十一年(1861),攻克
安庆,超擢
参将,赐号勤勇
巴图鲁。跟随曾国荃由安徽东下,连夺沿江要隘,擢
副将。进屯
雨花台, 屡次击败从
天京出击的
太平军。太平军的援军赶到,大营被围,屡次以地雷炸毁营墙,眼看敌军拥入,口衔利刃,匍匐而进。朱洪章督促枪炮还击,掷火焚烧,毙贼无数,伤亡士卒甚多,围困被解除。朱洪章以迭克城隘,以
总兵记名,加
提督衔。
同治三年(1864),攻打
江宁(今
江苏南京)久攻不下,等到掘开地道于龙膊子山麓,议推前锋。曾国荃召诸将署名具军令状,朱洪章署第一,武明良第二,
刘连捷第三,其他以次签署,共得九人。地雷爆炸,城墙崩塌,朱洪章率所部长、胜、焕字三营一千五百人,从缺口首先冲入,太平军仓猝从城头投掷火药,倾盆而下,士卒死四百余人。
朱洪章入城后,结圜阵与太平军排击。诸将冲入江宁,于是分军为三,朱洪章直取中路,攻打
天王府之北,短兵巷战一日夜,搜斩太平军甚多,赐
黄马褂,予
骑都尉世职,无论
提镇出缺,尽先
题奏。起初叙入城功,
李臣典以决策居第一,朱洪章列第三,众人为他鸣不平。朱洪章说:“吾一介武夫,由
行伍擢至
总镇。今幸东南平定,百战余生,荷天宠锡,已叨非分,又何求焉?”
光绪二年(1876),调任
云南鹤丽镇(今
鹤庆)总兵,署
昭通、
临安、腾越诸镇。鹤丽地势低洼,大雨常常淹没民田,朱洪章亲自率军修浚河流,解除了水患,民众十分感激。
光绪十四年(1888),因病请求
开缺,病愈后,曾国荃调留
两江,朱洪章凭吊龙膊子山,祭拜死士墓地,曾国荃树碑纪事。
光绪二十一年(1895),卒于军。张之洞上疏陈说战绩,称朱洪章收复江宁,功实第一。清廷下诏宣付
史馆,从优议恤,谥武慎,附祀
曾国藩、曾国荃、胡林翼专祠。