日本正教会（日本语：にほんハリストスせいきょうかい 俄语：Япо́нская Правосла́вная Це́рковь），自治正教会之一。由俄罗斯正教会修士大司祭尼古拉（俄语：Иван Дмитриевич Касаткин, 1836-1912）创立。

尼古拉在日本传教；

任东京俄罗斯传教使团团长；

任主教；

升为日本大主教。此时出现首批日籍正教神职人员。十月革命后，随着俄罗斯侨民的涌入，日本的东正教徒人数激增。

日本正教会为俄罗斯正教会主教区，后与莫斯科牧首公署中断关系，直至1969年恢复。

然而，在很长一段时期，日本东正教会并没有获得合法的地位。1947年，日本宪法首次赋予公民以宗教信仰自由的权利。这样，包括东正教在内的基督教各教派在日本获得了合法生存权。1970年，日本东正教会得到俄罗斯东正教会允许，成为一个从属于俄罗斯东正教牧首区的自治教会，其首脑由莫斯科牧首任命，称都主教。总部设东京，辖主教区4个，堂区约100个。在东京办有神学院1所。出版刊物《正教信使》，为世界基督教协进会成员。从教徒的民族属性来看，日本的东正教徒有俄罗斯人和日本人，也有来自非洲和阿拉伯世界的各国公民。俄罗斯东正教牧首区与日本东正教自治教会保持着密切的联系

（日本语：とうきょうふっかつだいせいどう），又称圣尼古拉大教堂（日语：ニコライ堂），是一座位于日本首都东京千代田区神田骏河台的东正教教堂，也是日本正教会的总部、东京大主教区总堂。本堂以耶稣基督复活为名，其俗称圣尼古拉是纪念把东正教传入日本的圣尼古拉。