日本国立大学（英文：Japanese National University），是指
日本国家政府直接设置的大学，由国家全额出资建立。2004年4月1日开始，所有日本国立大学根据《国公立大学法》成立独立的
日本国立大学法人。日本有国立大学86所。
日本的高等教育机构根据设立主体的不同，可以分为国立、公立、私立三种。国公立大学中，国立大学总数为86所、公立大学91所，基本上都是一流大学。国公立大学都设有硕士和博士学位点。国公立大学由日本政府设立，学费约为私立的一半，同时国公立大学有数量少和招生严格等特点，考取难度较私立大学难度更大，世界学术排名和知名度更高。
2016年
软科世界大学学术排名中，日本前10位高校均为国立和公立大学。2012年
泰晤士高等教育世界大学排名中，前200名中有将近10所日本大学入选。日本国公立大学都设有大学院（研究生院），开设硕士、博士课程。就读日本国立大学大学院的学生持有留学签证，申请奖学金、享受医疗保险、就业、交通费折扣等方面较私立大学拥有更多的报销政策和优惠补贴。
专业设置方面，日本国公立大学的也比较齐全。其中，既有
东京大学、
京都大学、
大阪大学、
东北大学、
名古屋大学、
北海道大学和
九州大学等知名度高的综合性大学，也有
东京工业大学、
一桥大学等侧重某些专业的大学，更有
大阪教育大学、
政策研究大学院大学、
奈良先端科学技术大学院大学等综合排名不高，但在某些具体领域代表了教育最高水平的学校。
2016年开始，日本政府进一步评选出部分最高水平的国立大学，并命名为
指定国立大学。
2020年4月，
名古屋大学和
岐阜大学合并为同一个国立大学法人
东海国立大学机构，以期同时管理这两所国立大学。单一国立大学法人管理多所国立大学的全新架构，将促进日本国立大学系统的进一步改革。
大学里的“大学院”是实施研究生教育的机构，有硕士（学制2年）、博士（学制3年）学位授予权。有些学校硕士课程和博士课程分别设立，有些学校是合在一起设立，分博士课程前期2年，博士课程后期3年，前期课程2年也视为硕士课程。
在学部和大学院里，除攻读学位的正规学生外，还有“旁听生”、“履修生”和“进修生”。这三类学生都不能获得毕业证书或学位证书，只有“履修生”修读的学分被承认。学部不招收“研究生”。