指定国立大学（英文：Designated National University），是日本政府为了进一步提高科研水平和创新能力，从2016年（平成28年）开始执行的科教政策。日本文部科学省在日本国立大学中，评选出具有世界最高水平的教育科研能力的成员，并命名为“指定国立大学”。日本政府在科研经费等许多政策法规上，对指定国立大学予以特殊支持。同时指定国立大学在管理运营、财政基础等方面将享有更大的自主权。

指定国立大学计划的目标是进一步提高日本的教育科研水平，进而推动日本国立大学的改革进步。日本文部科学省评估出具有世界最高水平教育科研能力的部分国立大学，最终由文部科学大臣确认为指定国立大学。

2017年4月17日，日本文部科学省日本国立大学中的7所高校，因符合应征条件而提交了申请资料。这7所高校为东京大学、东北大学、京都大学、名古屋大学、东京工业大学和大阪大学和一桥大学。

2017年6月，日本文部科学省公布将东北大学、东京大学、京都大学指定为指定国立大学。同时，东京工业大学、一桥大学、名古屋大学和大阪大学的四所大学被指定为候选大学。

2018年3月，日本文部科学省将东京工业大学和名古屋大学列入指定国立大学。同年10月，大阪大学成为指定国立大学。

2019年9月，一桥大学成为指定国立大学。至此，首批申请的7所高校全部成为指定国立大学。

2020年10月，筑波大学和东京医科齿科大学成为指定国立大学。

2021年11月，九州大学成为指定国立大学。

日本文部科学省对指定国立大学的评审标准主要包括（其中，2-4项中至少需要达成1项）：

（参见：日本大学排名）

截止2021年，通过日本文部科学省认定的指定国立大学有10所：

长期以来，七所旧帝国大学一直是日本高等教育的顶尖代表。日本文部科学省提出的指定国立大学计划，目标是建设世界最高水准的科研、教育和社会合作能力。因此，随着该计划的深入实施，指定国立大学可能会影响到旧帝国大学在日本国内的影响力。