新疆农垦科学院是新疆生产建设兵团最高学术机构，也是兵团直属的综合性科研单位，其前身是1959年成立的兵团农科所，1969年在文化大革命中被解散，1979年经自治区批准恢复并改名为“新疆农垦科学研究院”，1983年4月由农业部正式命名为“新疆农垦科学院”。

2024年1月19日，新疆农垦科学院昆玉综合研究所揭牌成立。

新疆农垦科学院院以解决兵团农业产业发展过程中共性、关键性的技术为工作重点，是实施有兵团特色区域创新体系建设的重要组成部分。

院下设作物研究所、棉花研究所、机械装备研究所、畜牧兽医研究所、水利土壤研究所、林园研究所、农产品加工研究所、科技信息研究所和分子农业技术育种中心、农业部食品质量监督检验测试中心（石河子）、农业新技术推广服务中心及省部共建国家重点实验室培育基地（新疆兵团绵羊繁育生物技术重点实验室）、《新疆农垦科技》编辑部、新疆农垦科技咨询中心、试验场和附属中小学等单位。有国家博士后工作站1个、国家节水试验基地1个、国家棉花工程中心良种繁育基地1个，国家挂牌重点领域有：绵羊育种、节水灌溉、农产品监测、优质棉基地、农业信息化5个领域，兵团级学会1个（兵团棉花学会）。

尹飞虎，1954年12月出生，2021年当选中国工程院院士

院核定事业编制329人(不包括试验场)，院在职编制人员286人，离退休人员191人。各类专业技术人员248人，一线科技人员196人。其中，中国工程院院士2名，高级专业技术人员93人(正高18人，副高75人)，中级职称76人。享受国务院政府特殊津贴专家31人，人事部突贡专家3名、农业部突贡专家7名、自治区优秀专家4名、兵团学术带头人14名。全院占地面积320公倾(试验用地180公倾)，固定资产净值4493万元。拥有高压液相谱、原子吸收、氨基酸分析等万元以上的先进仪器设备120余(套)，藏书2万余册，主办有《新疆农垦科技》刊物一种，具有先进的测试手段和计算机信息网络

建院以来（至2008年底），共取得科技成果452项，获兵团级以上奖励279项。其中获国家科技进步一等奖4项，二等奖3项，三等奖6项，省部级一等奖34项。“十五”以来获国家科技进步奖项目3项，获兵团科技进步一等奖项目5项。

近20年来（至2008年底），育成麦类、杂交油葵、杂交水稻、玉米、大豆和中国美利奴（新疆军垦型）细毛羊、肉用细毛羊等农牧新品种62个；研制成棉花铺膜播种机、通用精量播种机、中耕施肥机、联合整地机等农牧新机具26种。累计推广先进、实用农牧业新技术、新品种、农业机械等一批先进实用的科技成果100余项，创社会经济效益近80亿元；院科技扶贫、科技特派、科技服务团还对自治区、兵团20余个贫困团场（县）开展的科技扶贫攻坚工程，已使其中5个农牧团场脱贫。对兵团农牧团场增产增效及职工增收起到了积极的推动作用，促进了科技开发与经济发展的有机结合，振兴了团场（地方）经济。

“十一五”以来，共完成科技成果登记（鉴定、验收）61项，申请专利37项，已授权13项，通过自治区品种审定委员会审定农作物新品种21个；在国家、省级专业刊物上发表各类专业论文345篇。

“十一五”以来，全院共组织申报各级各类科技项目473项，获批170项，争取各级科研经费6000余万元。现有在研科研项目149项，其中国家级项目39项，兵团级项目81项，院本级项目29项。

“十一五”以来，科研条件新增投资1150万元，新增建设面积6000余平米，科研基础平台建设投入700余万元。拥有5万元以上的科研仪器设备，64台（套），价值1408.88万元。并拥有100万元以上的“液相色谱-质谱联用仪ANGLIENT6460”、“多重基因表达分析系统GENOMELAB GeXP”等高新尖端的实验仪器设备。 我院与中国科学院、中国农科院、中国农业大学、南京农业大学、东北农业大学、西北农林科技大学、新疆农科院、新疆农业大学、石河子大学、塔里木大学等多个科研院、所及高校建立了科技协作和学术交流关系。通过国家外专局引进国外智力等渠道，聘请了美国、德国、澳大利亚、加拿大、日本等国专家来院从事科研和学术交流。建有国家级和兵团级引进国外专家和技术示范基地，为引进智力、扩大交流起到了积极的促进作用。

我院先后荣获全国文明单位、自治区级文明单位、绿化先进单位、爱国卫生红旗单位、石河子市花园式单位等称号。

我院广大干部职工在兵团党委的领导下，正积极深化科技体制改革，加速科研成果向现实生产力转化，建立同经济发展紧密结合，复合市场经济和科技创新规律的新型管理体制，为推进西部大开发进程，愿与所有国营、集体、个体企业联手，依靠科学技术共同创造社会效益和经济效益。

2015年2月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第四届全国文明单位”荣誉称号。

2022年5月，被评选为2022年科学家精神教育基地，序号第139。