1993年10月28日，首次通过农业部机构认可和国家计量认证，同时成为
中国绿色食品发展中心定点监测中心，1999年6月24日通过农业部机构审查认可和国家计量认证首次复审，2003年4月成为农业部
无公害农产品定点检测机构。
为
拓展检测业务，中心在认证后的十年中新增了新疆农垦绿色食品环境监测站、国家职业技能鉴定所、新疆商检局认可食品检验室、新疆兵团食品检验测试中心职能。
质检中心拥有1100平方米实验场所，配备有国内外先进测试仪器设备117台（件），主要仪器有高压
液相色谱仪、
气相色谱仪、气-质联用仪、原子吸收分析仪、紫外/可见光分光光度计、原子荧光光度计、荧光光度计、
油品分析仪、全自动定氮仪、
冷冻高速离心机、旋光仪、
电子天平、
旋转蒸发仪、显微镜等。利用这些仪器设备可以完成食品、土壤、肥料、饲料、水质、大气的各项分析，如农药残留、兽药残留、重金属、营养成分等的分析。 质检中心现有人员27人，高级职称11人（其中研究员两人），中级职称7人，中级以上职称人员占72%。所学专业包括有食品工程、园艺、化学、土壤农化、农学、生化、畜牧兽医等。
中心自1993年成立以来，1998 年承担了农业部下达的牛奶统检任务（负责西北五省）；2004年承担了农业部下达的“无公害食品行动计划”全国省会城市及计划单列市蔬菜农药残留例行监测任务（负责乌鲁木齐市）；承担了新疆的绿色食品申报检验和环境监测评价工作；西北五省和内蒙的绿色食品抽查检验；为兵团粮食系统、经贸系统、农业系统进行了检验人员的培训，培训600多人次，并对500多人进行了化验工的
职业技能培训鉴定；编著了120万字的《饮料分析与检验》一书；主持了国家攻关项目“加工
番茄无公害生产及系列产品开发”的子课题，参与兵团单位的多项科研项目，成为兵团系统
绿色食品、无公害食品建设相关项目的技术依托单位；协助兵团主管部门建立起了农产品安全检测体系；组织制定国家农业行业标准8个；2003年争取到兵团、国家计委的基本建设资金 470万元，全面更新了仪器设备、实验台，对实验室进行了改造；多次配合当地技术监督部门、
工商管理部门对市场上的食品进行了检验，为他们查处假冒、伪劣食品提供了依据，打击了
假冒、
伪劣商品的生产和销售；并为科研和社会提供了大量的检测数据。