自1991年西亚德政权倒台后，索马里一直处于军阀武装割据，国家四分五裂的
无政府状态。国内各派打打停停，经过不断分化组合，逐渐形成
索马里兰、邦特兰、拉汉文兰和艾迪德等摩加迪沙派别四分天下的格局。
国际社会曾12次调解索问题，均无结果。
2000年，索国内局势较为平静，和平进程取得积极进展。5月，吉布提主持召开了以索民间力量为主体的索全国和会（亦称“阿尔塔和会”），7月通过索过渡宪章，8月选举产生索内战十年来的首届
议会及首位总统。8月27日，新总统阿布迪卡西姆宣誓就职。10月，索过渡政府成立。新政权上台后，相继提出恢复
首都秩序、解除民兵武装、部族和解等一系列整肃国家的措施，同时积极出席包括
联合国千年首脑会议在内的各种国际会议、访问周边及
阿拉伯国家，寻求承认与援助。但以文人为主的新政府在国内不被各派军阀所承认，并遭联合抵制，其活动范围仅限于首都一隅，无法有效施政，更无力控制全国。索仍呈
军阀割据状态。国际社会对索新政权多持观望态度，仅部分阿拉伯国家向其提供少量援助。与此同时，在埃塞俄比亚等邻国的支持下，索地方政权建设蓬勃发展，北部索马里兰、邦特兰自治体系日趋完善，中部希兰州自治政府于12月20日成立，南部朱巴兰、西南州政府亦在筹备之中。
2001年，索国内局势总体平静。TNG与主要派别关系依然紧张，其所控地盘仍仅限于首都摩加迪沙一隅，在内政、外交方面亦建树无多。索各派势力逐渐整合为TNG和反TNG两大集团：2月，TNG与摩加迪沙军阀肯雅雷派签署和解协议，吸纳肯雅雷进入临时政府；3月，由
索马里民族联盟艾迪德派、索爱国运动、拉汉文抵抗军、南方索马里民族运动和索马里联合大会/北摩加迪沙派五派联合组成的反TNG联盟“索马里和解与恢复委员会”（SRRC）在埃塞俄比亚成立。索马里兰方面，5月底举行的
全民公决通过了含有重申独立主张、实行
多党制等条款的新宪法，标志着索马里兰在谋求独立的道路上又跨进了一步。邦特兰方面，由于6月底应结束任期的前主席尤素福拒
不退位，与经由邦特兰全国大会选举产生的新主席
贾马发生武装冲突，邦爆发了
领导权之争。
“9·11事件”后，
美国将索列为恐怖分子巢穴国家和下一步可能打击的目标，一方面对索进行预防性封锁，防止“基地组织”残余势力进入索境内藏匿，另一方面鼓励索邻国和有关地区组织对索派别施加影响，通过各派和谈结束索无政府状态。
国际社会继续关注并推动索和平进程。联合国
安理会多次讨论索问题，支持东非“
政府间发展组织”（伊加特）调解索问题的努力，重申尊重索
主权和领土完整，呼吁有关国家停止干涉索内部事务，敦促反TNG的各派与TNG对话，并要求TNG在和解问题上表现出灵活性。2月，
也门政府向伊加特部长理事会提交索和解计划。11月和12月，肯尼亚总统莫伊两次在内罗毕主持召开索和解对话会，试图调解各派矛盾。但因SRRC主要领导人拒绝与会，和会未取得成果。由于SRRC拒绝参加TNG主导的和平进程，索外部调解乏力，索和平进程深陷僵局。
2002年，索国内局势在维持总体平静的同时，各主要派别之间和一些派别内部围绕争夺地盘和权利的斗争仍在继续，并出现新的分化组合与力量消长。TNG在摩加迪沙所控制的部分地区被当地军阀夺取，地位进一步削弱。SSRC各派继续维持联合局面。索马里兰局势继续保持稳定， 5月3日原“总统”埃加勒病逝后，“副总统”卡辛顺利继任“代总统”；12月，辖区内的
地方选举平稳进行,6个
政党参加角逐。邦特兰前主席尤素福在与邦特兰全国大会选举产生的新主席贾马之间的武装冲突中占据上风，将贾及其支持者逐出邦特兰并于8月30日宣布组成新一届“
内阁”。索马里西南国成立不久，副主席加比尤和伊斯梅尔即与主席夏尔古杜德因争权夺利发生内讧，双方的内战仍在继续。
2003年，国际社会继续关注并推动索和平进程。
联合国安理会多次讨论索问题并发表主席声明，呼吁各国严格遵守安理会有关对索
武器禁运的决议，重申尊重索主权和领土完整，呼吁有关国家停止干涉索内部事务，敦促反TNG的各派与TNG对话。以美国为首的西方国家出于全球反恐战略需要加大对索问题的投入，鼓励索邻国和有关地区组织对索各派施加影响，通过和谈结束索无政府状态，根除
恐怖主义产生的土壤。1月，东非“政府间发展组织”（伊加特）第9届首脑会议授权肯尼亚、埃塞俄比亚和吉布提组成技术委员会，联合调解索冲突并筹开新一轮索和会，三国出于各自安全利益等考虑相互妥协并协调立场，加大对索各派的促和力度。TNG在内遭主要派别拒绝、外得不到国际社会承认的情况下，被迫放弃以“
中央政府”身份出席新一轮和会的条件，为和会的召开扫清了障碍。SSRC亦在实现其参会条件后同意出席新一轮和会。在此情况下第14轮索和会于10月15日在肯尼亚的
埃尔多雷特召开，除索马里兰外的索几乎所有政治军事派别和民间团体均派代表与会；27日，与会各派领导人签署《关于停止敌对和索马里全国和解进程相关机构与原则的宣言》，规定立即在索实现全面停火，制定新的宪法，并成立包容各方的
联邦制中央政府。11月29日，和会进入第二阶段，与会各方决定成立6个专题委员会：联邦制与临时宪章委员会，复员、解除武装与安置委员会，土地与财产权利委员会，经济恢复、机构建设与资源调动委员会，地区与国际关系委员会，责成他们起草向领导人会议和大会提交的建议。但索马里兰继续拒绝出席和会，并积极寻求国际社会承认其独立地位。
2004年2月23日，索马里和谈全体代表举行会议，通过索《过渡宪章》。10月10日，索马里过渡议会在肯尼亚首都内罗毕选举阿卜杜拉希·尤素福·艾哈迈德为索马里过渡
联邦政府总统，任期5年。联合国、
非盟、阿盟、
欧盟、伊加特国家及世界其它主要国家均表示欢迎。多国总统、外长发去贺电。11月3日，优素福总统任命阿里·默哈迈德·格迪为索过渡政府总理并组成过渡联邦政府。