康熙十三年（1674）正月，
吴三桂反，攻陷
沅州，徐治都率师赴援。
四川巡抚罗森、总兵
谭宏叛附三桂，徐治都妻许氏闻邻境兵民皆从逆，权以徐治都令约束
将弁，抚慰士卒，并脱簪珥劳军。徐治都奉诏自
常德回守夷陵。三月，叛将
杨来嘉、刘之复以舟师数万来攻。徐治都督兵水陆防御，击退之。杨来嘉据
南漳，分路出犯，徐治都与
襄阳总兵刘成龙会师合击，所斩杀过半。康熙帝嘉奖徐治都久守要冲之功，叙功，加
左都督。
康熙十五年（1676），杨来嘉复以舟师来攻，徐治都循江堵截。总兵
廨濒江，寇舟逼廨，妻许氏督兵与战，中炮死。
总督蔡毓荣、
提督桑额疏闻，具述徐治都忠奋不顾家状。
康熙十八年（1679）三月，擢湖广提督，以
胡世英代为总兵。贼将王凤岐据
巫山（今属
重庆），康熙帝考虑到江水泛涨时，贼乘虚突犯夷陵、
荆州，命徐治都戒备。七月，疏言：“夷陵一隅，为楚蜀咽喉。今贼据巫山、
夔州（今重庆
奉节），上游呼吸可至。宜速修五板战舰一百，并招募土着水手，操练娴熟，令夷陵镇臣胡世英统领，以备水路防剿。臣同襄阳总兵刘成龙，前赴
归州、
兴山、
巴东形势之地，相机进剿”，事下所司议行。诏徐治都同
四川总督杨茂勋统舟师征夔州、重庆。
康熙十九年（1680）正月，师次巫山，杨来嘉、王凤岐与伪总兵王存仁以万余人拒守。清军夺隘，贼突出，徐治都挥刃力战，杨来嘉弃马越山走，擒王凤岐，斩三千余级，克巫山。进向夔州，夔州贼将刘之卫、瞿洪升以城降。叛将谭宏遣其子谭天秘、族人谭地晋、谭地升诣军前请降，缴敕印。上命徐治都还守夷陵。谭宏复叛，陷
泸州、
叙州。徐治都与镇安将军
噶尔汉督兵溯江而上，分军为三队击贼，进克下关城。
康熙二十七年（1688），湖广
督标裁兵，夏逢龙作乱，据
武昌。徐治都督兵赴剿，至
应城，与贼遇，力战却之。遂驻师应城。贼万余环攻，徐治都分兵内外夹击，贼大溃，奔
德安。夏逢龙乘北风联巨舰二十顺流下，见徐治都水师严整，不敢攻，乃登龙川矶攻陆师。徐治都督兵迎击，昼夜鏖战，斩杀殆尽。夏逢龙合余众泊鲤鱼潦，徐治都令诸将郑兴、杨明锦防贼登陆，而自将水师循江发火器焚贼舟。夏逢龙再攻陆师，复战却之，斩七百馀级，余多赴水死。其将胡耀乾等以武昌降，夏逢龙走
黄州。振武将军
瓦岱督
八旗兵至，黄冈
诸生宜畏，生擒夏逢龙以献，
磔於市，乱乃定。捷闻，赐
孔雀翎，予世职
拖沙喇哈番。
康熙三十二年（1693），朝
京师，赉御用冠服。康熙三十三年（1694），诏嘉徐治都功，用
孙思克、
施琅例授镇平将军，仍领提督事。
康熙三十六年（1697），卒，年六十有七，赠
太子少保，谥襄毅，赐祭葬。徐治都在湖广十八年，整饬军纪，民感其惠，为立祠以祀。
《
清史稿》：顺治初，汉兵降，犹分隶汉军；其后抚定诸行省，设提镇，置营汛，於是有绿营。以绿营当大敌，建愬定之绩，自三藩之役始。
蔡毓荣、
赵良栋将绿营直下云南诸行省，以战伐显者，如
赵国祚辈，皆彰彰有名氏，而徐治都、
李芳述功尤著。贞治屯垦，奋起效绩，不烦饷运，盖更有难能者。腹心爪牙，由此其选矣。