至元元年（公元1264年），忽必烈派八思巴兄弟回西藏主持建立西藏
行政体制，除赐给八思巴
珍珠诏书外，忽必烈决定在中央政府中设立一个将管辖佛教和藏族地区事务结合起来的特别机构，这就是总制院。这时总制院的职责偏重于佛教事务，兼治吐蕃事务是因为国师掌管藏族地区事务的缘故。
至元二十五年（公元1288年）十一月，尚书
右丞相兼总制院使
桑哥，以总制院统领吐蕃各
宣慰司军民财谷，责任甚重，宜加崇异，奏请用
唐朝皇帝在宣政殿接见吐蕃使臣的故典，改名为宣政院。灭宋后，即置江南释教都总统。
至元二十八年（公元1291年），又分设
行宣政院于
杭州，掌江南各省佛教，其后曾两度废而复置。吐蕃发生变乱，亦设行宣政院前往当地处置，唯重大
军事行动需与枢密院商议。诸路、
府、州、县置
僧录司、
僧正司、
都纲司，为宣政院下属地方机构，管理各地佛寺、僧徒。
至顺二年（公元1331年），复于各省置
广教总管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院选僧俗官任达鲁花赤、总管等职。
元统二年（公元1334年），宣政院所辖吐蕃之地，分设三道宣慰司：
吐蕃等处宣慰司都元帅府（又称朵思麻宣慰司）、
吐蕃等路宣慰司都元帅府（又称
朵甘思宣慰司）、
乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司都
元帅府（又称乌思藏宣慰司）。宣慰司下辖
安抚司、
招讨司、
宣抚司和元帅府、
万户府等。自
宣慰使都元帅至万户等各级官员多以当地僧俗首领担任，由帝师或宣政院荐举，朝廷授职。
宣政院设置之初置院使二员、
同知二员、副使二员、参议二员、经历二员、
都事四员、管勾一员、照磨一员。至元二十六年，置
断事官四员。二十八年，增佥院、同佥各一员。元成宗元贞元年（公元1295年），增
院判一员。成宗大德四年（公元1300年），罢断事官。
武宗至大初，省院使一员。
英宗至治三年，置院使六员。文宗
天历二年（公元1329年），罢
功德使司归宣政院，定置院使一十员，从一品；同知二员，
正二品；副使二员，
从二品；佥院二员，正三品；同佥三员，
正四品；院判三员，
正五品；参议二员，正五品；经历二员，
从五品；都事三员，
从七品；照磨一员，管勾一员，并
正八品；
掾史十五人，蒙古必阁赤（
蒙语，书记人员）二人，回回掾史二人，怯里马赤（蒙语，口译人员）四人，知印二人，宣使十五人，典吏有差。
藏学学者
陈庆英：宣政院是一个常设的中央管理机构，是
元朝在中央政府中设置的掌管全国佛教事务以及
藏族地区军民之政的特殊机构。由于职掌的特殊性，从用人、奏事等方面而言，它成为与
中书省、
枢密院、
御史台并列的四大军政系统之一，这在元朝以前是没有过的。
中国藏学研究中心历史研究所所长
张云：宣政院，以及它的前身总制院，上承唐代之旧，下启明清之新，在历代中央政府的治藏机构中，也是颇具特色的一个，值得深入研究。