实质审查，是指国家专利局对申请专利的发明的新颖性、创造性、实用性等实质性内容所作的审查。发明专利申请自申请日起3年内，国家专利局可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查；申请人无正当理由逾期不请求实质审查的，该申请即被视为撤回。国家专利局认为必要的时候，可以自行对发明专利申请进行实质审查。对于已经申请的实质审查，有的可以采取书面审查的方式，即通过申请材料的陈述了解有关情况，进行审查，但有的实质审查还需要进行实地核查，才能确认真实情况。

实质审查是商标注册主管机关对商标注册申请是否合乎商标法的规定所进行的检查、资料检索、分析对比、调查研究并决定给予初步审定或驳回申请等一系列活动。

（一）拒绝商标注册的绝对理由的审查，即审查申请的商标是否违反禁用条款、是否具有显著特征；

（二）拒绝商标注册的相对理由的审查，即审查申请的商标与在先权利是否冲突，故也称新颖性审查。

例如，食品卫生法规定，食品卫生监督机构对食品生产经营企业和食品摊贩的申请材料进行初审后，应在规定的期限内委派食品卫生监督员深入现场进行卫生审查，对不符合卫生要求的环节，提出意见，给予指导，待改正后再进行审查，直至符合国家规定的卫生要求。又如，液化气体铁路罐车（罐体）运输许可证发证规则第七条规定：“在对液化气体铁路罐车办理审查发证或复审过程中，必要时可实地核查液化气体铁路罐车。”对于需要采取实地核查的，行政机关应当指派两名以上工作人员进行核查。行政机关工作人员在进行实地核查时，应当向当事人或其他有关人员出示执法身份证件，以表明自己正代表国家执行公务，否则当事人可以拒绝接受核查。例如，无公害农产品认证程序第九条规定：“申请材料符合要求的，但需要对产地进行现场检查的，中心应当在10个工作日内作出现场检查计划并组织有资质的检查员组成检查组，同时通知申请人并请申请人予以确认。检查组在检查计划规定的时间内完成现场检查工作。”要求行政机关派两名以上工作人员进行核查，主要是为了保证核查工作的公正性。

对于情况复杂的或者重大的行政许可，行政机关应当采取极为慎重的态度，行政机关的负责人应当集体讨论决定。情况复杂的或者重大的行政许可，一般是指涉及公共利益或者利害关系人的重大利益，对于这类行政许可，除适用一般审查程序，给申请人或利害关系人以陈述和申辩的机会，对符合听证条件的，应当按照听证程序举行听证。在作出行政许可决定前，行政机关的负责人应当集体讨论，对于审查过程中的情况进行深入分析、研究，再作出行政许可决定，从行政程序上最大限度地保障公民和组织的合法权益。

实质审查亦称完全审查制度，1836年创设于美国。随着科学技术的不断进步，发明创造的数量日益增多，登记制往往使没有任何科学技术价值的申请也获得专利权，这引起了许多专利使用者的不满，因此舆论要求对发明内容进行实质审查，即除形式审查外，还要进行新颖性、创造性、实用性的实质审查，再确定是否授予专利权。

实质审查制中又分为即时审查制和延迟审查制两种。

1.即时审查制，又称为一次性审查制。即专利局对申请案进行形式审查之后，无需申请人提实质审查请求，就随即对专利申请的内容进行新颖性、创造性和实用性审查，以确定是否授予专利权。即时审查制的优点是可以确保所授予专利权的专利质量，减少诉讼纠纷，这使审查程序得到一定的简化。其缺点是审批时间较长，且需要有庞大的专利审查机构。美国、加拿大、瑞典、印度等国家实行这种审查制度。

2.延迟审查制，又叫早期公开请求审查制。即专利局在对专利申请案进行形式审查之后，不立即进行实质审查，而是先将申请案公开，申请人可以自申请日起一段时间内的任一时间请求实质审查，待申请人提出实质审查请求之后，在已公开的情况下，专利局才进行实质审查。申请人在法定期限内不提出实质审查请求则被视为自动撤回申请。各国规定请求实质审查的法定期限不同，大致2～7年。日本、西德、荷兰等为7年，澳大利亚等国为5年，巴西为2年，我国则为3年。早期公开延迟审查制的优点是：加速了专利信息的交流；给申请人充分时间来考虑是否提出实质审查请求和什么时候提出实审请求，申请人中有一部分将根据实际情况放弃实质审查请求的，从申请人来讲避免了被驳回，节约了审查费用，从专利局来讲减轻了审批的工作量，使审查员能集中精力审查处理那些提出实审请求的专利申请案。但是，这种审查制时间太长，使专利申请案长期处于悬而未决的状态，容易造成纠纷。另外从早期公开到颁发专利证书这一段时间是法律上的临时保护期，在这期间申请人的权益得不到充分、可靠的保护。总的来说，早期公开延迟审查制综合了形式审查和即时审查制的优点，解决了专利制度发展历史上出现的比较尖锐的矛盾，被越来越多的国家所采用。