1988年开始进行多次对外学术交流，作为访问学者，出访
东京大学文学部，
实践女子大学文学部，
华盛顿大学东亚系，
延世大学国学院、
首尔大学中文系，
成蹊大学法学部。作为客座教授，出访
东京外国语大学语言与地域文化研究院，
海德堡大学东亚研究中心，
一桥大学语言与社会研究院，
京都大学文学部。此外，应邀在印度、新加坡、马来西亚、澳大利亚等地的相关大学进行讲演。
任多家学术期刊编辑委员会成员，包括《开放时代》，Inter-Asia Cultural Studies， Traces: A Multilingual Journal in Cultural Theory，《台湾社会研究季刊》。
多年来从事日本政治思想史研究，致力于推动东亚地区知识分子的深度对话，曾于九十年代与
沟口雄三先生一同推动“中日知识分子对话”。
2019年11月5号受邀赴韩国参加“坡州图书奖”颁奖仪式，并接受该奖中的唯一“著作奖”。“坡州图书奖”是由“东亚出版会议”评奖，中日韩三国出版人创办的民间出版人联合会，特别是中国三联书店等知名出版社的出版人参与的亚洲重要图书奖项。
主要中文著作有:《
竹内好的悖论》（增订本）（生活·读书·新知三联书店，2023；北京大学出版社，2005初版）；《游走在边际》（商务印书馆，2021）；《
从那霸到上海：在临界状态中生活》（北京联合出版有限公司，2020）；《
遭遇他者：跨文化的困境与希望》（北京联合出版有限公司，2020）；《绝望与希望之外：鲁迅〈野草〉细读》（生活·读书·新知三联书店，2020）；《
寻找亚洲：创造另一种认识世界的方式》（贵州人民出版社，2019）；《
历史与人：重新思考普遍性问题》（生活·读书·新知三联书店，2018）；《
求错集》（广西师范大学出版社，2018；三联书店，1998初版）；《
思想史中的日本与中国》（上海交通大学出版社，2017）；《
在历史中寻找中国：关于区域史研究认识论的对话》（东方出版中心，2016）；《
我们为什么要谈东亚：状况中的政治与历史》（三联书店，2011）；《
文学的位置》，（山东教育出版社，2009）；《
主体弥散的空间：亚洲论述之两难》（江西教育出版社，2002）。
2016年12月1日下午13:30-16:30，孙歌与日语学院年轻教师，以“跨界、跨学科学术研究探索”为主题，进行了一场别开生面、内涵丰富的学术沙龙活动，围绕“学术之路”“ 翻译引发的思考”“ 认识论和方法论”“ 把不可视变为可视的研究方法”等主题深入地进行了论述，日语学院教师也就以上主题畅所欲言，就教学、科研、专业建设、学科建设与人才培养等问题与孙歌教授进行探讨，气氛热烈。