1945年8月， 在
威海卫行政办事处的基础上，组建威海卫市人民政府，于洲任市长。威海卫市人民政府设立行政委员会，由市长兼任主任。下设秘书处、民政科、财政科、建设科、教育科、司法科、公安局、工商管理局、
北海银行办事处等机构。 1947年3月，又增设外事科、卫生科、战勤科、税务局、实业局、粮食局、战时邮局。
1951年5月5日，威海卫市人民政府改称威海市人民政府，由市长和一名副市长主持
行政事务。11月，原行政委员会改为人民政府委员会，由市长和副市长、委员若干人组成，依照法律规定，管理全市重大行政事务。下设秘书室、民政科、财政科、人事科、文教科、建设科、工商科、水产科、劳动科、房产科、国防建设科、公安局、法院、检察署、监察委员会（1955年撤销）等机构，分别管理所属权限内的各项事务。此外，还设有畜牧站、渔业技术指导站、油脂增产委员会办公室等技术服务机构。
1956年1月， 原威海市人民政府改为威海市人民委员会，由市长和副市长、委员若干人组成。其工作部门，初设办公室、民政科、人事科、财政科、工商科、劳动科、教育科、建设科、水产科、计划统计科、交通科、财贸办公室和公安局。以后工作机构屡有裁并和增设，名称亦时有变更。
1967年2月19日， 在
上海“一月风暴”的影响下，威海市部分“群众组织”在驻威部队的支持下，夺取中共威海市委和威海市人民委员会党、政、财、文一切大权，成立由群众组织代表、驻军代表、机关干部代表组成的“三结合” 临时权力机构——“威海市红色造反者大联合革命委员会”。3月，更名为威海市革命委员会，由主任和副主任、委员若干人组成，行使市委、市人委的全部职权。1970年，恢复中共威海市委，党的工作部门从威海市革命委员会中分出，威海市革命委员会仍作为
国家行政机关继续存在。
1980年5月， 威海市第九届
人民代表大会第一次会议决定，威海市革命委员会改为威海市人民政府，由市长和副市长若干人组成，主持全市各项行政事务。 政府工作部门设委（办）、科、局等。
2019年年底，威海市辖环翠区、文登区、荣成市和乳山市2区2市（威海火炬高技术产业开发区、威海经济技术开发区、威海临港经济技术开发区属于国家级开发区，开发区管理委员会是市政府派出机构），共48个镇、24个街道办事处、2425个村民委员会、323个居民委员会。
2021年12月30日，《2021年中国政府网站绩效评估报告》评估结果显示，威海市政府网站在全国地级市政府门户网站中排名第六，在计划单列市、省会城市和其他地级市政府门户网站中位居第21名，被列于“优秀”梯度。