1、具有两个以上遗传标记（所谓遗传标记，可以是形状、基因、位点、SSLP、SNP等等）2、连锁基础——二标记位于同一条
染色体（或基因组DNA链/环）上；
细胞器基因组（线、叶基因组）是
符合条件的，唯一的问题就是
基因组太小，遗传标记的
分辨率太高，不过线粒体有16kb，应该是可以容下多个遗传标记了，所以结论就是可以进行连锁分析。
染色体上两个位点从亲代传给子代时，若相距1cM，就有1%的重组机会。整个人类基因组含3.2×109bp，相应约有3300cM，每个染色体平均约有150cM，1cM约为1000kb。
因此，一个致病基因和标记位点紧密连锁，二者必须在同一条染色体的同一区段，一条染色体可以产生大量的DNA多态，只要提供足够的家系，按孟德尔方式遗传的疾病都可将其基因定位。
尽管
连锁分析在
实际研究中已经
证实可靠有效，但在对于
复杂疾病的研究中，却存在很大的局限性。首先，连锁分析更适用于单基因疾病的遗传研究，而在目前已知的疾病当中，复杂
疾病占了绝大多数。
其次，连锁分析对于致病性高、数量少的
遗传变异具有较好的适用性，但对于中效甚至弱效的突变则显得力不从心。
最后，通过连锁分析在染色体上的定位通常是cM级别，也就是百万个
碱基对，这其中包含的成百上千的基因，要精细定位出突变位点仍有很长的路要走。因此对于复杂疾病，连锁分析只能提供部分参考性意见。