生活于土壤中呈菌丝状的单细胞或多细胞的异养性微生物。在土壤中的数量仅次于细菌。种类繁多，主要有藻菌纲、子囊菌纲、担子菌纲、半知菌纲。最适于通气良好的酸性土壤中生存，表土层分布最多，营腐生、寄生或共生生活，可分解糖类、淀粉、纤维素、木质紊、单宁等有机物、参与腐殖质的形成和分解、进行氨化作用和硝化作用，尤在酸性森林土壤中的有机质转化中起重要作用。

广义的土壤真菌还包括森林表土腐朽植物和枯枝落叶层上的真菌。常见者有藻菌纲(Phycomycetes)、子囊菌纲(Ascomyctes)、担子菌纲（Basidiomycetes）及有性世代不明的半知菌属（Fungi imperfecti）等。上述菌属大部分属于好气性腐生菌，有的则寄生在植物上并有致病性。真菌的菌丝具有分解有机物的能力，而分生孢子和厚膜孢子却几乎没有这种能力。真菌对土壤pH值的要求比放线菌和细菌所要求的为低。可以认为真菌是酸性土壤中特别是森林土壤中的主要分解者。

土壤真菌可分为土壤习居菌和土壤寄居菌两类。前者在土壤中经常广泛地存在，如腐质霉属、毛霉属、青霉属等；后者是植物或动物的寄生菌。

按具体生境可把它们分为森林土壤真菌、耕地土壤真菌、荒地土壤真菌、湿地土壤真菌、火烧土真菌等。

按研究对象（如植物根）也可把它们分为根围真菌、根表真菌、菌根真菌、维管束真菌等。

如果按生理类型区分，则可分为植物寄生菌、动物和人体寄生菌、纤维素分解真菌、木质素分解真菌、果胶和半纤维素分解真菌、甲壳质（角素）分解真菌、糖真菌、捕食性真菌等。

多数土壤真菌分布广，但是某些属种有其最适宜的生境。青霉属、毛霉属的分布北方多于南方，而镰刀菌属、根霉属、异水霉属、笄霉属、曲霉属的分布则南方多于北方。土壤真菌的种类和数量以表土层和亚表土层为最多，随着土层的加深而逐渐减少，但青霉属、曲霉属、毛霉属、被孢霉属、木霉属的某些种是常见的深土层分布菌。

土壤真菌的消长顺序通式为：糖真菌→半纤维素分解性细菌和果胶分解菌→纤维素分解性细菌→甲壳质分解菌。青霉属、曲霉属、木霉属、毛霉属、镰刀菌属、链格孢属和枝孢霉属是占优势的糖真菌。青霉属、曲霉属、根霉属、镰刀菌属、葡萄孢属的某些种和出芽短梗霉是比较常见的半纤维素分解性细菌和果胶分解菌。木霉属、镰刀菌属、链格孢属、青霉属、曲霉属、腐质霉属、毛壳属、漆斑霉属、葡萄穗霉属、蜜环菌属、杯伞属、口蘑属和小皮伞属的某些种具有强分解纤维素的活力。发癣菌属、裸囊菌属和节霉属的一些种具有强分解角蛋白的活力。链格孢属、青霉属、单孢枝霉属和色串孢属的某些种，在实验室条件下对香草醛和P-羟基苯醛一类的拟木素有分解活力，而拟青霉素、帚霉属和星霉属的某些种可能与腐殖质分解有关。

根围真菌的消长顺序随作物的株龄而异，如燕麦根围真菌在植株的幼龄阶段以毛霉科和不知属种的白色不孕菌丝为优势菌，在植株的中龄阶段以拟球壳目为优势菌，在植株的老龄阶段以镰刀菌、不知属种的暗色不孕菌丝和子囊菌为优势菌。

土壤真菌的数量依季节的变化而改变，发酵型真菌（有可利用基质时才活跃起来的土壤真菌）的数量秋季最多；土著型真菌的数量夏季最多。

有许多土壤真菌是重要的植物病原菌，另外，还有与植物共生的菌根菌，它们对植树造林起着重要作用。土壤真菌也参与动、植物残体的分解，成为土壤中氮、碳循环不可缺少的动力，特别是在植物有机体分解的早期阶段，真菌比细菌和放线菌更为活跃。