国立北平大学医学院前身是成立于1912年10月26日的国立北京医学专门学校，是西安交通大学医学部的前身。

1912年10月26日，国立北京医学专门学校成立，这是中国政府举办的第一所国立西医学校。

1915年2月，经教育部批准，国立北京医学专门学校诊察所正式开诊，为学生提供临床课实习基地，设有外科手术室、内科检查室施诊病室、一二三等病室，首开临床医学教育先河。

1923年9月，国立北京医学专门学校奉命改建为北京医科大学校，学制改为六年，学制分预科、本科两级。预科两年、本科四年，这是我国最早改为六年制的医学校。1927年，附设诊察所扩充为国立北京医科大学校附属医院，这是中国国家兴办的一所大学附属医院。

1927年奉系军阀张作霖率安国军进入北京，张作霖颁布大元帅令，将当时北京九所国立高等学校合并为“京师大学校”，北京医科大学校改名为“国立京师大学校医科”。

1928年4月，国民革命军北伐进逼京津， 6月2日，张作霖撤回东北，途中在皇姑屯被日本人炸死，国民政府改“北京”为“北平”，同年，京师大学校改组为国立北平大学，医科改为国立北平大学医学院，由著名教育家徐诵明担任院长。

1929年国立北平大学医学院在背阴胡同前审计院建设附属医院新址建成开诊。从此，附属医院成为有百余张病床的教学医院，规模和水平都有了长足的发展。到1937年，国立北平大学医学院和附属医院规模、实力和学术水平不断壮大和提高，成为中国当时著名的医学院校，附属医院成为在北平仅次于协和医院的一所设备较为完善、技术力量先进的医院，百姓称“平大医院”。

1937年抗日战争全面爆发，平津沦陷；9月，国民政府教育部令国立北平大学、北平师范大学、北洋工学院迁移西安，组建西安临时大学，国立西安临时大学医学院在西安通济坊成立。

1938年4月，教育部令国立西安临时大学改名为国立西北联合大学，简称西北联大，医学院和附属医院随之改名，并由西安迁往汉中。

1939年8月，国民政府行政院决定，改国立西北联合大学为国立西北大学，医学院独立设置，名为国立西北医学院。

1946年8月，教育部电令西北医学院与西北大学合并，更名为国立西北大学医学院，由汉中迁至西安崇礼路（现西五路157号）。

1950年4月，中央人民政府教育部决定西北大学医学院独立设置，改为西北医学院。

1956年，改称西安医学院。

1985年，经教育部批准，西安医学院更名为西安医科大学。

2000年4月，国务院将原西安医科大学、原陕西财经学院与原西安交通大学合并组建新的西安交通大学；西安医科大学更名为西安交通大学医学院。

2012年6月，根据教育部关于医学教育改革文件精神，组建西安交通大学医学部。

百年传承 抗战迁陕

成立于1912年的国立北平大学医学院，是当时中国最负盛名的高等医科学校之一，被公认“汇集了一大批卓有成就的国内外知名学者，他们代表了当时我国医药卫生各学科的最高水平”，对中国现代医学教育发展影响深远。1937年卢沟桥事变爆发，平津相继沦陷，日军迅速展开对我国文化教育机构的疯狂破坏，妄图在精神文化上毁灭中国，一时间风雨如晦，人心惶惶。当此国家民族生死存亡之际，保护和抢救中华文化之根基以及近现代科教文卫事业发展之成果，已成燃眉之急。

时任国立北平大学校长徐诵明按国民政府教育部9月10日令，号召全校西迁，与北平师范大学、北洋工学院合组国立西安临时大学，以保留高教火种，培养抗战力量，收抗战复兴之效。时任北平大学医学院院长的吴祥凤召集王同观、蹇先器、颜守民等教授在自己家中开会，传达教育部训令，并当场签名，表示要保持民族气节，坚决不为日伪服务，即日内迁西安办学。10月18日，国立西安临时大学正式成立，设文理、法商、教育、工、农、医6院23系。北平大学医学院改称国立西安临时大学医学院，附属医院随校迁陕。

抗战迁陕后，医学院虽仓促建校，设施简陋，但师资力量堪称国内一流，教授多为海归博士。师生们忍辱负重，不忘教学为抗战服务， 12月，医学院组织抗日宣传队赴宝鸡、汉中等地，行程千里，宣讲抗日救亡道理，宣传防空防毒知识，为群众看病解难，受到沿途民众和当地政府的热烈欢迎和鼎力支持，以烛火之光点亮民族希望。

1938年3月，日军攻占临汾，轰炸西安。为安全防备，师生们徒步半月，翻越秦岭，迁往汉中，继续民族教育和医学事业。借汉中联立中学校舍和交通银行房屋进行教学，借南郑卫生院32间房屋开办附属诊所，作为群众看病和学生实习基地。汉中地处偏僻，交通阻塞，办学条件极其简陋，临时校舍多次被日机炸毁，人员、财产损失惨重。但广大师生不屈不挠，愈挫愈强，到1942年，医学院学生达到近300人，附属医院设各类病床80张，日门诊量300余人次。学校遵“研究高深学术、培养医学专门人才”之宗旨，建立多个基础学科研究室及多个临床专科诊察室，还主办战时救护、公共卫生训练班，指导当地医院诊所工作，组织乡村巡回医疗，研究开发国药，开展流调分析，接受治疗了大批前线下来的伤员，成为抗战时期大后方四大医学院之一。教师们自编自印教材，秉烛备课研读，带教学生一丝不苟，诊治疾患兢兢业业；学生认真读书学习，心系民族危亡，立志服务社会、服务抗战。汉中办学期间，多名国内外知名的医界名流在医学院工作，如儿科教授颜守民，眼科教授刘新民，皮花科教授蹇先器，耳鼻喉科教授杨其昌（在日军轰炸中牺牲），内科教授李宝田，外科教授万福恩等，他们儒雅的学者风范、高超的学术造诣和诲人不倦的师承，留下了优良宝贵的学术传统。

扎根西北 艰苦奋斗

抗战胜利后，国立西北医学院师生服从国家建设发展大局，自1946年8月从汉中迁校西安以来，成为扎根建设大西北的先行者。1956年5月，西北医学院迁至西安南郊，同时将附属医院一分为二，留在原址的改名为第二附属医院，新建于南郊的定名为第一附属医院。这两医院的确同宗同源，回顾医学前辈曲折抗战史，身担重责，艰辛求存，他们在无情轰炸中的牺牲令人痛惜。历史，需要铭记。

建国后学院万象生机，迎来一次新的发展。1950年侯老任西北医学院代院长，认为西五路那片地势狭小，不利发展，在各校南郊购地潮的形势中也申请南郊土地拟主体南迁，51年初上级批准购买如今纬二街十字周围这片1000亩地建学校、医院和家属住宅区。53年西五路西北医学院的医院部分改名西北医学院附属医院。在侯老督促建设下，55年夏，校本部南迁当今校园，一些教研组及高年级学生暂留西五路。56年8月，南郊这个校本部附近的新医院定名西北医学院第一附属医院，原附属医院改名第二附属医院，院长改任一附院代理院长。9月，西北医学院改名西安医学院，一附院个别科室开诊，基建尚未完。1957年初，一附院落成，西安医学院两附院领导班子成立，一拖二形式确立，2月一附院正式开门，3月一附院外科胰十二指肠切除术成功。此后，学校历经“西安医学院”“西安医科大学”数次更名。2000年4月17日，经国务院批准，西安交通大学、西安医科大学、陕西财经学院三校合并，组成综合性的新的西安交通大学。至此，这一支自抗战烽火中诞生的珍贵火种历经风雨，最终成为西安交通大学医学部。