国立北京医学专门学校成立于1912年10月26日，是中国政府举办的第一所国立西医学校，是北京大学医学部、西安交通大学医学部等学校的前身。

1903年京师大学堂设立医学实业馆，教授中西医学。1904年医学实业馆改称医学馆，迁入北京和平门外八角琉璃井由兴胜寺庙宇改建的馆舍，1907年停办。

1910年，此馆舍被施医总局（当时的卫生部门）买去，为日后创立国立北京医学专门学校提供了条件。

1912年中华民国成立。9月，中华民国教育部电召汤尔和到京，筹划创立医学校事宜。教育部以价银10000两购买了已经停办的医学馆馆舍，划拨给国立北京医学专门学校使用。

1912年10月16日，中华民国教育部任命汤尔和为北京医学专门学校校长，并于10月26日颁发校章。至此，中国第一所国立西医学校正式诞生。

1915年2月，经教育部批准，国立北京医学专门学校诊察所正式开诊，为学生提供临床课实习基地，设有外科手术室、内科检查室施诊病室、一二三等病室，首开临床医学教育先河。

1923年9月，国立北京医学专门学校奉命改建为北京医科大学校，学制改为六年，学制分预科、本科两级。预科两年、本科四年，这是中国最早改为六年制的医学校。1927年，附设诊察所扩充为国立北京医科大学校附属医院，这是中国国家兴办的一所大学附属医院。

1927年奉系军阀张作霖率安国军进入北京，张作霖颁布大元帅令，将当时北京九所国立高等学校合并为“京师大学校”，北京医科大学校改名为“国立京师大学校医科”。

1928年4月，国民革命军北伐进逼京津， 6月2日，张作霖撤回东北，途中在皇姑屯被日本人炸死，国民政府改“北京”为“北平”，同年，京师大学校改组为国立北平大学，医科改为国立北平大学医学院，由著名教育家徐诵明担任院长。

1929年国立北平大学医学院在背阴胡同前审计院建设附属医院新址建成开诊。从此，附属医院成为有百余张病床的教学医院，规模和水平都有了长足的发展。到1937年，国立北平大学医学院和附属医院规模、实力和学术水平不断壮大和提高，成为中国当时著名的医学院校，附属医院成为在北平仅次于协和医院的一所设备较为完善、技术力量先进的医院，百姓称“平大医院”。

1937年抗日战争全面爆发，平津沦陷。9月，国民政府教育部令国立北平大学、北平师范大学、北洋工学院迁移西安，组建西安临时大学，国立西安临时大学医学院在西安通济坊成立。

1938年4月，教育部令国立西安临时大学改名为国立西北联合大学，简称西北联大，医学院和附属医院随之改名，并由西安迁往汉中。

1939年8月，国民政府行政院决定，改国立西北联合大学为国立西北大学，医学院独立设置，名为国立西北医学院。

1946年8月，教育部电令西北医学院与西北大学合并，更名为国立西北大学医学院，由汉中迁至西安崇礼路（现西五路157号）。

1950年4月，中央人民政府教育部决定西北大学医学院独立设置，改为西北医学院。

1956年，改称西安医学院。

1985年，更名为西安医科大学。

2000年4月西安医科大学与西安交通大学、陕西财经学院三校合并，更名为西安交通大学医学院。

2012年6月组建西安交通大学医学部。

1945年，抗战结束后，北京各公立大学被统一编为“北平临时大学补习班”，北平大学医学院被编为“临时大学补习班第六分班”。

1946年7月，北京大学在北平复校。北平临时大学补习班第六分班连同附属医院一同并入北京大学，成为北京大学医学院。

1952年全国高等学校院系调整，北京大学医学院脱离北京大学，独立建院并更名为北京医学院。

1985年，学校更名为北京医科大学。

2000年4月3日，北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学。5月4日，北京医科大学正式更名为北京大学医学部。

国立北京医学专门学校1913年开学后，拟定学校章程草案呈请教育部备案，汤校长赴日本购办图书仪器。学校先后设置组织学、化学、解剖实习室和细菌学分教场、病理组织、病理解剖实习室和图书室。

由于原医学馆舍和施医总局房屋面积狭小，不够使用，学校先后赁豫章学校部分房屋为细菌学分教场所和校舍。建设地下藏尸室以便保存解剖尸体，购菜户营村坟地为埋葬解剖过的尸体使用。随着房舍和土地面积逐渐扩大，为业务开展提供了必备条件。

学校因教员不够，有些课程只能兼代，在不断发展中逐渐完善。暑假期间派周颂声到日本调查各地医学专门学校解剖设备情况并研究生理学；8月聘日本金泽医学专门学校石川喜直为解剖学教授，汤尔和校长同年任组织学教授。

学校投考人数开始起伏不定，1912年为140人，接后4年每年在80人左右，至1917年有较大幅度的上升，达220人，1920年达310人，1922年达440余人。至1922年6月，7年累计培养医学专门部毕业生175人。

汤尔和等人自1915年起发起组织中华民国医药学会，多次与其他组织共同审定汉语医学名词，统一名词标准，推进中国医学规范、有序发展。

在学术研究方面，汤尔和教授撰写论文2篇（德文）、周颂声论文3篇（德文）、徐佐夏论文1篇（德文），余新论文1篇（德文），吴祥凤论文1篇（英文），由学校汇集成第十周年纪念论文集出版。

教师们在教学中自编讲义，还译编国外专著。如汤尔和翻译《组织学》、《诊断学》，吴祥凤、朱其煇、张黼卿与他人合著《内科全书》，周威和洪式闾译述《病理总论》，葛成勋、孙柳溪编著《外科学总论》，洪式闾译述《病理解剖学各论》等，对中国医学的发展起到重要的促进作用。

学校校长先后由汤尔和（1912年10月—1915年12月）、葛成勋（1915年12月—1916年8月）、汤尔和（1916年8月—1922年4月）、周颂声（1922年4月—）担任。

1922年10月26日，学校举办十周年纪念活动，已担任教育部总长的前校长汤尔和、担任教育部次长的马叙伦来校讲话、留念。