宣统三年9月,
保路同志会发动全川武装起义。
四川总督赵尔丰四面楚歌,被迫同意川省独立。11月27日,成立
大汉四川军政府,立宪党人
蒲殿俊和赵尔丰心腹、新军17镇统制
朱庆澜分任正副都督。军政府对封建势力一味妥协,赵尔丰仍踞兵暗谋复辟,终致发生12月8日“
成都兵变”,叛军大肆杀掠,蒲、朱逃避。唯军务部长、
同盟会员
尹昌衡出面平乱,周骏应召派出300人随尹连夜入城,会同新津、温江、崇庆等地的
保路同志军维持秩序。12月9日,周骏等新军军官约集著名士绅徐子休、
张澜等,决议改组四川军政府,尹昌衡被推任都督,周骏被委任军务部长。军政府迅速平定叛乱,并捕杀了赵尔丰。
民国元年(1912年),成、渝两军政府合并,周骏乘川军扩编之机,兼任第一师师长。 第一师在川军5个师中力量最强,驻防川南重镇
泸州。驻泸期间,周骏掠夺盐款,充军饷,饱私囊。民国2年夏,周诬指
自流井盐商王子恒私通革命党,查抄拍卖其井灶,掠款20万元;还扣留自流井下行的盐船61载零471包(每载4.5万公斤,每包100公斤),强迫捐输,后变卖40余载,掠银15万余两。
民国2年5月6日,篡夺
辛亥革命果实的
北洋军阀头子
袁世凯公开发布所谓“除暴安良”命令,疯狂排斥、镇压革命党人。护理川督
胡景伊及第一师师长周骏等通电表示拥护,攻击国民党为“奸徒”,对反袁人民进行武力恫吓。6月,袁世凯排斥尹昌衡,正式任命胡景伊为四川都督,四川国民党人和各界人士群起反对,
川军第一、第四两师师长周骏、
刘存厚则拥袁任胡。7月,以国民党人
熊克武为首的川军第五师决定起兵讨袁,进行“
二次革命”,周骏致电袁政府,献“两面夹击”、“致其于死命”的计策。8月4日,熊克武在重庆成立讨袁军司令部,通电讨袁。
讨袁军进展迅速,北路攻克
潼南、
遂宁、
顺庆,中路主力攻下
隆昌,8月“日进抵泸州对岸的
小市。周骏驱部众,凭一江之险拚死顽抗,血战月余。在泸州指日可下、周骏仓皇逃往纳溪时,袁世凯急调滇、黔、陕、甘、鄂军入川进攻讨袁军,重庆大本营岌岌可危,迫使讨袁军撤军回援。9月12日,熊克武离渝出走,“癸丑(1913年)讨袁”遂告失败。周骏先捕杀支持反袁的第一师参谋长李哲等国民党人,又在
永川枪杀了著名的
荣县民军首领、老同盟会员
王天杰。周骏以功兼任重庆
镇守使,坐镇川东。
民国5年1月,反对
袁世凯复辟帝制的
护国战争在四川开始,熊克武重组第五师配合
蔡锷领导入川的滇黔军作战,势如破竹,滇、黔、桂、粤等省先后宣布独立。驻川
北洋军厌战,川军刘存厚师、
钟体道混成旅倒戈反袁。5月22日,袁的心腹、川督
陈宦被迫宣告四川独立。袁世凯十分恼怒,两日后即任命周骏为第十五师师长,授“益武将军”,督理四川军务,借以图陈。6月6日,袁世凯忧惧而亡,周骏仍命
王陵基西上驱陈。6月26日,陈宦退出成都,王陵基、周骏入城,周骏自为都督。
但护国军势不可挡,攻破周部在隆昌、
内江、
资中的防线,向成都挺进。6月30日,刘存厚部进入成都,周骏溃逃。7月6日,
北京政府命蔡锷为四川督军兼省长。7月20日,周骏被迫交出兵权,残部由川北卫戍司令钟体道节制。
周骏下台后,与王陵基率手枪队百余人,携带搜刮的巨款,经金堂逃到遂宁,后再经
西充、
巴中、
城口出川,去北京候用。