乾隆二十二年（1757），上疏进言：“军粮自
肃州运
哈密至军，一石需费十二、三两。凯旋官兵粮食口粮制衣履，请改二成本色，八成折价。既得随时支用，亦可稍省运费。”得到采纳。加
太子少保。
乾隆二十四年（1759），代替
黄廷桂任
陕甘总督，寻以总督衔管甘肃巡抚事。上奏进言：“
宁夏横城堡河涨城圮。相度水势，分别添筑草坝，俾大溜北注，化险为平。”十二月，以总督衔调任
河南巡抚。
乾隆三十一年（1766），调任陕甘总督，上奏进言：“木垒地广土沃。请将招集户民编里分甲，里选
里长，百户选
渠长，
乡约保正。
讼狱，
守备审理；命盗案，守备验讯。巴里坤
同知审解。”得到采纳。
乾隆三十三年（1768），再次调任湖广总督，兼署任
荆州将军。
乾隆三十四年（1769），命赴贵州，和内阁学士富察善、侍郎
钱维城审理
威宁知州刘标亏空铜本案和巡抚
良卿、
按察使高积营私枉法案。
乾隆三十六年（1771），再次调任陕甘总督，正值
土尔扈特部回归，乾隆帝命吴达善分赏羊及皮衣。吴达善料理周妥，得到乾隆帝的嘉奖。因病请求辞职。十月，去世，赠
太子太保，入祀
贤良祠，赐祭葬，谥勤毅。