1951年4月，
华东军区海军驻福州办事处与陆军厦门要塞部队炮兵指挥所合并，组成华东军区海军厦门基地筹备处，李友田任主任，辖直属营，海岸炮兵第1、第2营和1个布雷分队，共1481人。
1953年11月，厦门基地筹备处改建为厦门水警区，归华东军区海军建制领导。
郑友生任政治委员兼代司令员。1955年2月，
杜彪任司令员，辖福州、厦门两个巡逻艇大队，海岸炮兵第1、第2营和1个布雷分队，共1962人。同年4月，组建三都澳巡防区。
1958年10月，以厦门水警区为基础组建
福建海军领导机关，归海军
东海舰队建制，地区性的战斗活动归
福州军区指挥。11月，三都澳巡防区改建为三都澳水警区，陈雪江为司令员，张尔庆为政治委员。