福建水师，又称福建海军，是中国第一支近代化海军舰队（阿思本-李泰国舰队因指挥权问题故不在其列），由福州船政局节制。同时也是当时装备国产化程度最高的一支近代化舰队。

福建水师又称福建海军，福州船政水师，与北洋海军，南洋海军，广东海军并为晚清四大近代化舰队。

与福建早已存在的绿营水师（绿营水师，归闽浙总督指挥，主要负责内河巡防）平行存在，互不统属。

船政水师(福建水师)归船政大臣节制，所需经费在船政造船费和养船费下开支。

福建船政水师的旗舰为无防护巡洋舰“扬武”号。

1860年代

由左宗棠奉命成立福建船政后，随着福建船政制造厂和船政学堂的不断发展，马江附近的军港设施日益健全、船政制造的军舰和培训出的海军人才也渐成规模。

清同治五年(1866)，清政府命沈葆桢总理船政事务，统管造船厂和前后学堂、水师营。

在连续建造“万年清”“湄云”“福星”3艘兵舰后，经船政大臣沈葆祯奏请批准，将福建船政的军舰编成舰队，设轮船统领统一管理，首任轮船统领由原福建水师提督李成谋担任（福建水师与福建船政水师并不是一个概念，前者指的是福建省的旧式水师，就如同安徽水师、江南水师等），并制定《轮船训练章程》12条。

1870年代

同治十三年(1874)，福州船政局拥有的舰船已初具规模。

拥有扬武、万年清、湄云、福星、伏波、安澜、镇海、飞云、超武、靖远（铁胁木壳船，炮舰，不同于北洋海军的致远级靖远舰）、振威、济安、永保、琛航、大雅等舰15艘，又从国外购得 海东云、长胜、建威3舰，共有18艘兵船。经过数年发展后，至第三任轮船统领彭楚汉时，清廷为加强台海防务，于1879年7月4日颁上谕，清政府诏令闽局轮船先行练成一军，福建水师正式宣布成立。‘’

截止到中法战争爆发之前，福建船政水师是中国吨位第三的水师，1.1万吨。第一为南洋水师，1.5万吨。第二为北洋水师，1.2万吨。

由扬武舰管带、负责水师营务处(舰队指挥机关)的闽安协副将张成统领，统辖兵船已达26艘。

有主力战舰十数艘，但均为木肋木壳结构，总排水量仅9900吨，载普通火炮47门，官兵1100人。

福建水师提标是清军最强大的海上力量之一，驻守厦门。它共有中左右前后5营，额设官兵4300余名。就海岸防卫部队而言，它在厦门岛、波浪屿岛共有兵丁517名，但分在10处汛地、24个堆拨以及厦门城四门、水操台等40余处，并在厦门岛外围的大陆一圈海岸，驻兵1390名，分在41处汛地，每处3至201名不等；就舰船部队而言，共有大小船只67艘，其中48艘为战船，另有19艘为海岸巡哨之桨船，而在战船之中，又有13艘有固定的海上汛地，只有35艘可机动出洋作战。

1884年8月22日，法国东京舰队突然偷袭停泊在马尾军港的福建水师，福建水师被迫仓促应战，由于装备老化落后，实力差距巨大，福建水师的火炮对法国舰队的铁甲基本没有威胁，而法国舰队所配置的重炮，则轻易击穿福建水师的木肋甲板。

海战不到半小时，福建水师的11艘战舰，就有 扬武、济安、飞云、福星、福胜、建胜、振威、永保、琛航9舰被击毁，另有伏波、艺新两舰自沉，19艘运输船全部沉没，水师官兵殉国者七百六十人。结果福建水师大败，几乎全军覆没，从此再也未能恢复往日气象。

此后福建水师在缺乏舰艇及经费的窘境下，已难成军，且舰体严重老化，只有“福靖”和“福安”可编入舰队战斗序列，其余舰只只能作为侦察、运输等辅助舰船使用。

1909年，清政府将福建水师与广东水师、北洋水师以及南洋水师，合并重编为巡洋舰队和长江舰队；独立的福建水师就此解散。