南京市疾病预防控制中心成立于2001年6月1日，是经南京市编制委员会2001年第5号文批准，由原南京市卫生防疫站、南京市职业病防治所、南京市皮肤病防治所、南京市血防医院、南京市健康教育所、南京市结核病防治所等六家单位合并重新组建的全额卫生事业单位。

南京市疾病预防控制中心包括中心本部和2家医疗分支机构（金山医院和皮肤病性病专科医院），2010年有员工512人。

中心本部占地面积11.8万m2，建筑面积1.45万m2，其中实验室用房4403 m2。2010年本部有员工270人，其中有博士5人，硕士33人，具有高级专业技术职称56人、中级专业技术职称71人。

中心成立以来，以科学发展观为指导，以卫生防病工作为中心，以重大传染病预防控制为重点，全面加强疾病预防控制与实验室能力建设，疾病预防控制综合能力得到明显提高，先后圆满完成了第六届世界华商大会、“9.14”汤山特大投毒事件、传染性非典型肺炎、第十届城运会、人感染高致病性禽流感、EV71手足口病、汶川抗震救灾、甲型H1N1流感等卫生保障或疫情应急处置工作，疾病预防控制工作取得了显著成绩。

1、完成国家、省下达的重大疾病预防控制的指令性任务，实施疾病预防控制规划、方案，组织开展全市疾病暴发调查处理和报告；负责全市预防性生物制品管理，组织、实施预防接种工作；

2、调查突发公共卫生事件的危险因素，实施控制措施；

3、开展常见病原微生物检验检测和常见毒物、污染物的检验鉴定；

4、开展疾病监测和食品卫生、职业卫生、放射卫生和环境卫生等领域健康危害因素监测，管理全市疫情及相关公共卫生信息；

5、承担卫生行政部门委托的与卫生监督执法相关的检验检测任务；

6、组织开展健康教育与健康促进；

7、负责对全市区、县疾病预防控制机构的业务指导、人员培训和业务考核；指导全市医疗卫生机构传染病防治工作；

8、提供从业人员健康体检和职业病、皮肤病性病诊疗服务。

中心实验室于2003年通过了实验室国家认可，到2010年通过认可项目已达10大类474项，同时通过江苏省质量技术监督局计量认证566项，拥有气相色谱仪、高效液相色谱仪、离子色谱仪、气-质联用仪、原子吸收分光光度计、等离子发射光谱仪、原子荧光光度计、总有机碳测定仪、全自动测汞仪、全自动水份测定仪、凯氏定氮仪、全自动滴定仪、全自动结核杆菌快速鉴定仪、全自动生化分析仪、全自动细菌鉴定仪、全自动酶联免疫检测仪、荧光定量PCR仪、蔡司生物显微镜、荧光倒置显微镜、Ⅲ级生物安全柜、低温冰箱、厌氧培养箱、CO2培养箱等先进仪器设备，其中万元以上270余台（件），价值约2500万元。

中心成立以来，先后连续被省委省政府、市委市政府授予2003-2004、2005-2006年度“文明单位”、2007-2009年度市级文明单位； 2001年被卫生部评为“全国消灭脊灰证实先进集体”、被市政府授予“第六届世界华商大会卫生保障有功单位”；2003年被授予省、市“非典防制工作先进集体”；2004年被市委市政府授予“创建国家卫生城市、创建国家环保模范城市先进单位”；2005年被十运会组委会授予“第十届全国城市运动会医疗卫生保障工作先进集体”；2007年被市卫生局授予“人禽流感防治工作先进集体”；2008年被市委市政府授予“南京市支援抗震救灾先进集体”、省总工会授予“江苏省五一劳动奖状”、市卫生局授予“手足口病防治工作先进集体”；2009年被江苏省卫生厅授予“全省疾病预防控制工作先进集体”。

中心办公室

协助中心领导组织、协调中心的各项工作，制定各项工作规范和规章制度，并组织开展调查研究工作，参与重要文稿和文件的草拟工作；负责会议组织、文、电处理、秘书事务、文印、机要保密、印信管理、档案管理、计算机管理等工作。

党委办公室

开展日常党务工作，负责对党员的教育管理、组织建设等工作；组织开展党风廉正建设等精神文明建设工作；负责统战工作，指导共青团工作。

监察审计室

组织开展职业道德教育、遵纪守法教育等工作，受理对违反有关行政纪律行为的投诉，以及开展中心内部各项审计和经济合同审定工作。

人事科

负责人事管理、劳动用工；负责工作人员的考核、聘任、调配、奖惩、定级、政审工作；负责专业技术人员的资格认定、职称评定工作；负责人事档案、个人业绩档案管理、工资及津贴管理工作。

保卫科

负责本单位安全保卫工作。

离退休管理科

负责离退休人员的管理工作。

工会

负责本单位工会工作。

财务科

负责财务管理和会计业务核算工作；负责单位经费预算编制和财务决算编报审核；负责各项财务制度的拟订和实施，并对执行情况进行日常检查和监督管理；负责单位收入和支出管理、资产管理、收费和票据管理、专项资金管理。

物资设备科

负责本单位仪器、设备、药品、试剂等的购置、配发与维修、管理；负责固定资产管理及办公用品购置与配发。

总务科

负责单位环境卫生及绿化管理；负责水电供应；承担房屋、水电、维修、车辆使用等后勤服务工作。

基建科

负责中心各项基础设施建设。

科教科

负责拟订本单位科技发展规划、计划，并组织实施；组织开展预防医学研究，负责科研项目管理；负责拟订预防医学教育和人才培养规划、计划，并组织实施；负责继续教育和进修人员管理；负责科研、培训档案管理；组织协调各类专业培训；负责图书资料订阅管理。

健康教育科

研究提出全市健康教育工作规划与实施方案，组织开展健康教育工作；负责健康教育图片、声像作品的制作、编辑、出版工作。

质量管理科

负责组织管理体系文件的编制、审批、发放、修改和宣传贯彻；负责实验室认可的申请和认可后监督的相关工作；承担管理体系内部审核和管理评审的具体事项；负责日常质量监督、质量调查、分析和评价；受理客户投诉并组织调查、分析与处理；组织实验室进行质量控制活动；负责中心标准的信息管理。

急性传染病防制科

研究提出全市传染病的预防、控制规划和实施方案，负责全市的疫情管理、传染病监测、预防和控制；进行传染病疫情监测、预报和人群健康水平统计分析，并进行效果评价；参与公共卫生突发事件、不明原因疾病的调查，对传染病暴发等重大疫情、重大灾害进行紧急处理和控制。

慢性传染病防制科

研究提出全市结核病防制工作规划和实施方案，组织开展预防控制工作；组织进行结核病监测工作；进行发病分析及预测预报。

性病艾滋病防制科

研究提出全市性病、艾滋病的预防控制规划和实施方案，组织开展预防控制工作；组织进行性病、艾滋病的监测工作；进行发病分析及预测预报；参与性病、艾滋病重大疫情的紧急处置和控制。

血地寄防制科

拟定全市血地寄防预防控制规划和方案；进行疫情统计分析和预测预报；开展预防控制和达标考核、监测工作；指导区县开展预防控制工作，参与血吸虫病、疟疾等重大疫情的紧急处理和控制；组织开展血地寄防科研及推广运用。

慢性非传染病防制科

研究提出全市慢病的预防控制规划和实施方案；组织开展预防控制和发病监测工作；进行发病分析及预测预报；负责生命统计；指导区县开展慢病工作；负责学校卫生的预防及研究工作；拟订学生常见病的预防控制规划和措施。

免疫规划科

研究提出全市免疫工作规划和实施方案，负责组织实施预防接种，开展免疫针对疾病的预防控制；负责全市预防用生物制品（含一类、二类疫苗）的供应、管理工作，负责本单位冷链的管理。

营养与食品卫生科

开展膳食与营养的研究，负责营养促进工作；负责保障人群健康的食品卫生的预防及研究工作。

环境卫生科

开展饮用水、公共场所等环境卫生与健康的监测、预防及研究，负责环境危害的预防控制工作；开展鼠、蟑、蚊、蝇、蚤等病原媒介生物的种群分布调查与控制。

职业卫生科

开展职业危害因素监测、预防与控制性评价及研究，负责职业病预防控制工作；开展放射卫生与健康的监测、预防及研究，负责射线危害的预防控制工作。

微生物检验科

负责从业人员健康体检、健康相关产品、传染病的病原微生物的检验工作。

理化检验科

负责健康相关产品的理化检验工作。

预防医学门诊部

开展从业人员健康体检及健康证明的办理；开展二类疫苗的预防接种工作。

皮肤病性病专科医院

负责开展皮肤病、性病等疾病的诊疗工作；麻风病的防治工作。

金山医院

负责开展职业病诊断、治疗和职业病鉴定以及职业健康体检工作；负责开展血吸虫病的治疗工作。

所获荣誉

2020年11月，获得江苏省抗击新冠肺炎疫情先进集体表彰。