南京市档案馆成立于1959年，档案馆新馆于2014年10月28日启用，位于河西新城梦都大街北侧，南京地铁10号线梦都大街站1号口旁，总用地面积6666㎡，总建筑面积40796㎡，设计地上九层，地下两层，总投资2.98亿。

现有馆藏档案329个全宗，341174卷。其中历史档案49个全宗，212717卷，革命历史档案4个全宗，1704卷，建国后档案276个全宗，126753卷。馆藏资料26648册，图书14325册。

1．国民党南京市政府的档案共39314卷，分抗日战争前和抗日战争胜利后两部分。主要有市政府及其组成部门、直属机构的档案全宗。

2．汪伪南京特别市政府的档案共10794卷，包括日军入侵南京初期网罗汉奸组织的“南京市自治委员会”、维新政府时期的“督办南京市政公署”和汪伪“南京特别市政府”三个时期的档案。主要有记载日本侵略军制造的南京大屠杀惨案、慈善团体掩埋尸体的文书记录，日本帝国主义和汉奸政府相互勾结镇压中国人民、进行疯狂经济掠夺，对我国人民施行奴化教育、进行反动宣传的档案。

3． 孙中山先生陵园管理处档案共1807卷。从1925年起至1949年4月止，记载有孙中山先生逝世前疾病情况、逝世后的筹备安葬、陵墓建设、移灵奉安、陵园管理、纪念活动、人事安排、经费开支、会议记录、来往文书等档案史料，还有安葬廖仲恺、邓演达、谭延闿、范鸿仙、阵亡将士的档案等。

司法档案共149578卷，主要有国民党和汪伪首都地方法院、高等法院、特刑庭等机构形成的大量的政治、民事、刑事案件档案，其中有审判汉奸的重要档案，如审判周佛海、丁默村、梅思平、周作人、周学昌等人的审讯笔录、口供、起诉书、判决书、调查旁证等档案。

社团、企事业单位的档案共6470卷，有南京市商会、工业会、同业公会、公私银行、自来水公司、汽车公司、工厂、公私立中小学、公私立医院、海关等机构的档案。其中有在中国民族工商业中有重要地位的江南汽车公司、永利亚厂等单位的档案。

馆长：孔爱萍

副馆长：潘莺、刘峰

2023年10月25日，奥运冠军许安琪档案捐赠仪式在江苏省南京市档案馆举行。

许安琪此次捐赠了奥运会领奖服、比赛用重剑、冠军奖牌等60余件档案。该批档案记录了她从伦敦奥运会、里约奥运会到东京奥运会，从新人、老将到教练的奋斗经历，展示了中国体育健儿的拼搏和努力。

2024年6月，国家最高科学技术奖获得者、“八一勋章”获得者、中国工程院院士钱七虎怀着对南京的深情厚意，向南京市档案馆捐赠了30余件档案。

志书共有43种，231册。主要有：《金陵胜迹志》，民国10年（1921年）修，《金陵琐志八种》，光绪庚子年（1900年）春修，1963年林散之题名重印，《白下琐言》（1—4），光绪庚寅年（1890年）修，《金陵玄观志》、《玄武湖志》、《莫愁湖志》，光绪壬午年（1882年）修，《江宁府七县地形考略》，光绪六年（1880年）修，《首都志》，1935年修，《金陵梵刹志》，1936年修，《西藏图考》（2—6）等。