南京太学，南京最高学府之始。公元258年（三国吴永安元年）吴景帝孙休诏立五经博士创立国立学校，韦昭为首任祭酒，这一年被认为是南京最高学府创设之年，而韦昭就成为南京自有高等学府以来的首任校长。

此后，除在战乱及新旧两朝更替时出现暂时中断外，南京官办学堂历代延绵不绝。

317年（晋建武元年）晋元帝司马睿于建康（今南京）设太学，历经宋、齐、梁、陈四朝建康太学绵延不断。南朝宋时，建康太学分设文、史、儒、玄、阴阳五科学馆，为世界上第一所分科制高等学府、教育与研究合一的大学。

在经过隋唐南京太学被取消，仅余下地方性学校的低迷时期后，南唐在南京重新建立起太学，随后顺延至北宋江宁府学，南宋时期，建康成为行都，也设有国子监，元朝改集庆路学。

明朝定都南京，在原六朝皇家园林华林园旧址及南朝太学原址钦天山下建立起国子监。至1393年（明洪武二十六年）时，南京国子监监生达八千一百二十四人，为当时世界上规模最宏大的学府。到永乐年间，学生超过万人，东亚南亚诸国均派留学生来南京国子监学习，故译学盛兴。那时在南京下关设有造船场，掀起了中世纪的航海事业。而在南京国子监后面的钦天山上，建有明朝皇家天文台——钦天监观象台。这些都为南京国子监学生开阔眼界提供极大便利。

清朝建立后，南京国子监降格为江宁府学，仍然于明朝国子监旧址办学。

1902年，江宁府学改办为三江师范学堂，后更名两江师范学堂，民国建立后，改办成为南京高等师范学校，成为当时全国六大高师之首，旋即“高师改大”，易名国立东南大学，与国立北京大学一同成为当年全国仅有的两所国立大学。

南京太学历代曾设校址于秦淮河畔夫子庙、朝天宫、钦天山下四牌楼一带等处；金陵非京师时期由中央太学改作郡学、路学或府学等南京地方学府。

始建于258年的南京太学曾被中央大学认定为学校办学起点，中央大学改为南京大学之后校方以筹建三江师范学堂的1902年作为建校年份而不再追溯古代校史的部分，院系调整后南京大学在1954年的校务委员会上做出规定，继续把1902年作为南京大学的建校时间，沿用至今。改革开放后，院系调整中与中央大学（调整时为南京大学）相关的高校也大多把建校时间也推到了1902年。