307年,
刘渊起兵杀奔洛阳,青州叛军
王弥已攻至洛阳津阳门。晋廷震惊,满朝文武纷纷逃难。北宫纯受
张轨命令援救洛阳,恰逢
匈奴兵至,北宫纯入城见过司徒
王衍,受命与东海王
司马越率军出击,北宫纯为前驱,便命令其只近千人的
西凉卫队至洛阳城门列阵抗敌。面对10余万敌军骑兵,凉州卫队依托
护城河,夹门而阵展开了阵型。冲到城门附近的叛军骑兵乱箭齐发,但无法穿透西凉卫队的盾牌和重铠。两军接触后,凉州军团依靠其重步兵武器和盾甲的优势,大败叛军,王弥军溃败逃走。王弥后投
刘渊。随后,北宫纯等人又在河东击败
刘聪。
次年,
刘渊称帝,令
刘聪率兵再次南进,大败东海王司马越,再次抵达洛阳城关。
张轨派北宫纯入援洛阳。北宫纯率凉州铁骑夜袭匈奴大营,杀死
刘聪部下
征虏将军呼延颢,令大
司空呼延翼死于军中内乱。西凉军获胜,由于其他各路勤王军的陆续到达,逼迫
刘聪退军。
永嘉五年(311年),汉军攻陷洛阳,俘
晋怀帝及在洛阳的宗室官员,北宫纯转守
南阳王司马模所据之长安,不久,刘粲又攻长安,兵至
下邽。司马模派兵出战,失败投降,为刘粲所杀,北宫纯解送平阳。
永嘉二年(公元308年),太傅越遣司马王斌帅甲士五千人入卫京师,张轨亦遣督护北宫纯将兵卫京师。五月,弥入自轘辕,败官军于伊北,京师大震,宫城门昼闭。壬戌,弥至洛阳,屯于津阳门。诏以王衍都督征讨诸军事。甲子,衍与王斌等出战,北宫纯募勇士百馀人突陈,弥兵大败。
永嘉三年(公元309年),冬,十月,汉主渊复遣楚王聪、王弥、始安王曜、汝阴王景帅精骑五万寇洛阳,大司空雁门刚穆公呼延翼帅步卒继之。丙辰,聪等至宜阳。朝廷以汉兵新败,不意其复至,大惧。辛酉,聪屯西明门。北宫纯等夜帅勇士千馀人出攻汉壁,斩其征虏将军呼延颢。
永嘉五年(公元311年),南阳王模使牙门赵染戍薄坂,染求冯翊太守不得而怒,帅众降汉,汉主聪以染为平西将军。八月,聪遣染与安西将军刘雅帅骑二万攻模于长安,河内王粲、始安王曜帅大众继之。染败模兵于潼关,长驱至下邽。凉州将北宫纯自长安帅其众降汉。