农业生物多样性是包含生物多样性（在遗传、物种和生态系统三个层面）所有组成部分的一个术语，它与粮食和
农业密切相关，并且对农业所处的生态系统（
农业生态系统）起支持作用。
农业生物多样性可以分为狭义的农业生物多样性与广义的农业生物多样性。狭义农业生物多样性包括农业生物的遗传多样性、农业生物的物种多样性和
农业生态系统的多样性三个层次。广义的农业生物多样性则指与农业生产相关的全部生物多样性(表1)。
农业生物
遗传多样性方面，以水稻为例，狭义的农业生物遗传多样性仅仅考虑水稻不同品种间的遗传变异，然而在广义的农业生物多样性考虑的范畴就包括野生稻等野生近缘种。杂交水稻的不育基因就是在野生稻中发现的，通过
杂交育种，转移到了现代品种中。在利用生物技术能够实现不同物种间基因转移的条件下，理论上所有生物基因及其变异都有可能通过
转基因技术引入农业生物体内，例如
苏云金杆菌的杀虫蛋白基因(简称Bt)已经导入到玉米、棉花、大豆等作物，并且已经进行商业化生产。实际上，Bt基因也已经成功转入水稻。因此广义的农业生物的遗传多样性包括农业生物物种的遗传多样性、农业生物近缘野生种的遗传多样性，以及有转入农业生物潜力的其他物种的遗传多样性。
农业生物的
物种多样性方面，以植物生产为例，狭义的农业生物物种多样性仅仅考虑农业种植的植物物种，然而广义的农业生物物种多样性还考虑潜在可以成为农业生产对象的植物物种资源。很多中草药物种日益成为栽培对象，园林绿化中改造和利用的物种越来越多。为了防治农作物的害虫，害虫的天敌生物物种成为利用对象，例如利用赤眼蜂防治
水稻螟虫，利用白僵菌防治松毛虫等。农田土壤中的各种微生物、蚯蚓、蚂蚁、白蚁、线虫等生物物种对农作物生产起到重要的作用。园艺作物经常需要依赖授粉动物，包括蜜蜂、苍蝇、飞蛾、蝴蝶、甲虫、蝙蝠、蜂鸟等。又如在渔业方面，无论是
淡水养殖还是海产养殖被人工养殖的物种越来越多，例如鳄鱼、鲟鱼、龙虾、鲍鱼都成为了养殖对象，捕捞的物种就更多了。因此广义的农业的生物物种多样性不仅包括已经被驯化了的生产目标物种，也包括农业生产中的各类关联物种。无论是目标物种还是关联物种的名录都在急剧扩展之中。
农业
生态系统多样性方面，狭义的农业生态系统多样性仅仅考虑开展农业生产的生态系统，例如
农田生态系统、放牧生态系统、农牧结合生态系统、淡水养殖生态系统等，广义的农业生态系统多样性还需要考虑生产以外的区域，以农田为例，田埂和周边的植被往往成为作物天敌的繁殖和栖息场所，对农田害虫的控制至关重要。农田灌溉水往往来自上游的
水土保持林或者天然林，而农田的排水则会影响到河流下游甚至出海的海口。因此广义的农业生态系统多样性包括以农业生产体系为核心的整个相关区域或流域的相互关系和整体格局。
生物多样性是生物机体之间的变异性及其各组成部分的生态复杂性，包括物种内部的多样性（
遗传多样性）、物种之间的多样性和生态系统的多样性。表2的第一栏对这三个层面的生物多样性都进行了描述。生物多样性不仅提供了农业的基础（农作物和家畜物种及遗传变异），而且还通过其在
生态系统功能和服务中的作用，提供了生产的基础材料。
农业生态系统包括农作物和家畜物种，以及农作物和家畜物种内部的品种和种类，而且还包括那些支持农业生产的各种组成部分。在物种层面支持生态系统服务的各组成部分包括蚯蚓和真菌，它们能够通过分解有机物帮助提供植物营养及促进养分循环。每个层面生物多样性当中农业生物多样性的例子见表2。