2008年到2014年，内蒙古自治区慈善总会与
中华慈善总会联合开展了为慢粒性白血病和肠胃
间质瘤患者免费提供药品援助的“
格列卫项目”和“
达希纳项目”，为肺癌患者免费提供药品援助的“易瑞沙项目”和“
特罗凯项目”，为肾癌患者免费提供药品援助的“
多吉美项目”，为转移性直结肠癌患者免费提供药品援助的“
安维汀项目”，为
多发性硬化症患者免费提供药品援助的“
倍泰龙项目”，为
肺动脉高压患者免费提供药品援助的“
全可利项目”和“
万他维项目”等9个慈善助医药品援助项目。
2011—2014年，内蒙古自治区慈善总会联合
中国移动慈善基金会、
内蒙古自治区民政厅、
泰达国际心血管病医院，在内蒙古自治区范围内实施了“中国移动爱‘心’行动——内蒙古自治区贫困先心病儿童救助计划”项目，共投入资金1620万元，免费为575名贫困家庭的先心病患儿成功实施手术，使患儿获得新生。
2014年，内蒙古自治区慈善总会又引进了专门援助贫困
肺动脉高压患者的“
万他维”项目，并开展了万他维药品援助工作。“万他维”项目对于贫困肺动脉高压患者，在自费使用经过连续1个月的万他维治疗获得明显疗效且无疾病进展，给予8个月的药品援助，对病前一年以上的低保对象患者，给予9个月的免费药品援助。
2015年8月，为继续开展好内蒙古自治区重特大疾病慈善医疗救助项目，经过努力争取，内蒙古自治区慈善总会联合中华慈善总会共同开展的“爱必妥”慈善援助项目，近期已正式启动。
2016年1月，由内蒙古自治区慈善总会联合
中国移动慈善基金会、
内蒙古自治区民政厅、
泰达国际心血管病医院开展的
中国移动爱“心”行动——内蒙古自治区贫困先心病儿童救助计划三期项目，正式在内蒙古范围内启动。此次救助行动中，中国移动慈善基金会捐资400万元，内蒙古自治区民政厅从本级福利彩票公益金中拿出60万元作为补充救助经费。
2016年，内蒙古自治区慈善总会将在全区范围内开展13个救助重特大疾病患者的慈善助医项目。这些项目分别是：为贫困重特大疾病患者提供资金救助的“内蒙古自治区重特大疾病慈善医疗救助专项基金项目”，为贫困家庭重大疾病患儿提供资金救助的“全区贫困家庭儿童重大疾病慈善救助老牛专项基金项目”，为贫困家庭先心病患儿免费实施手术治疗的“中国移动爱‘心’行动——内蒙古自治区贫困先心病儿童救助计划”三期项目，为贫困地区
医疗卫生机构捐助医疗器械和其他医用物资的“
慈善医疗阳光救助工程”项目，为唇腭裂患者免费实施修复手术的“微笑列车”项目，为
慢性粒细胞白血病和肠胃间质瘤患者免费提供药品援助的“
格列卫项目”、“达希纳项目”，为肺癌患者免费提供药品援助的“易瑞沙项目”、“特罗凯项目”，为肾癌患者免费提供药品援助的“多吉美项目”，为转移性直结肠癌患者免费提供药品援助的“安维汀项目”，为
多发性硬化症患者免费提供药品援助的“倍泰龙项目”，为肺动脉高压患者免费提供药品援助的“全可利项目”。
2014年12月17日至19日，内蒙古自治区慈善总会在
呼和浩特市举办了全区慈善工作与业务培训班。全区各盟市、旗县市区慈善总（协）会的专（兼）职工作人员、自治区民政厅相关处室及直属单位工作人员共计70余人参加了此次培训。
2015年10月21日，内蒙古自治区慈善总会联合财富1+1老年公益基金，在巴彦淖尔市乌拉特中旗
海流图镇老年社区开展了“九九重阳节——为农村牧区空巢老人送手机关爱行动”公益活动。
2015年12月，内蒙古自治区慈善总会联合中华慈善总会在
兴安盟开展了“老少边穷地区千户贫困户慈善情暖万家”慰问活动。此次活动共投入70万元慰问金。
2016年3月18日下午，内蒙古自治慈善总会办公室联合内蒙古自治区社工人才培训中心、呼和浩特青马社会工作发展中心共同开展了“践行社工服务、关注慈善济困”2016年国际社工日主题宣传活动。
2019年9月，为庆祝第4个“
中华慈善日”，助力深度贫困地区脱贫攻坚，内蒙古自治区慈善总会在
乌兰察布市7个旗县(市)开展了
中国移动爱“心”行动——内蒙古自治区贫困先心病儿童救助计划项目筛查救助活动。
2020年1月30日，为进一步做好新型冠状病毒感染肺炎疫情防控工作，充分发挥慈善力量，内蒙古自治区慈善总会向社会各界发出倡议，动员各大企业、事业单位及社会各界人士行动起来，积极参与疫情防控工作，踊跃捐款捐物。
2015年9月，
内蒙古自治区社会组织服务中心向内蒙古自治区慈善总会颁发了“中国社会组织评估等级证书”5A级证书和牌匾，内蒙古自治区慈善总会被评为5A级社会组织。