1966年，中国爆发了“
文化大革命”运动。这场运动首先从北京的高校点燃，并且一开始就直接导致了本年
高校招生工作停止，全部高校停课。高等学校的青年学生们成为运动前期的先锋队，十几万人在校内造反并走出校门冲击社会各个方面。此后两年多的时间里，北京高校的工作陷于瘫痪，学校内部派别林立，呈现
无政府状态。
1968年7月后，为制止学校内的
武斗，北京市
革命委员会开始向各高校派驻工人、
解放军毛泽东思想宣传队，领导组建“
三结合”的学校
领导班子，努力使原来的无序状态走向有序。逐步组织开展了一些所谓斗批改、清理阶级队伍、吐故纳新等运动，也搞了一些所谓“
复课闹革命”。
1969年2月，中国和
苏联在中国的东北边界上发生冲突，
国际形势骤然紧张，4月，中国共产党第九次全国代表大会召开。中央提出了要准备打仗的号召。8月之后大批的中央机关人员被精简疏散，离开北京到各地的“五七”干校。10月17日，各单位又传达林彪发布的“关于加强战备，防止敌人突然袭击的
紧急指示”，更加剧了紧张的气氛，导致了更大规模的在京机关团体单位的搬迁撤离。
在这一形势之下，北京的高等学校如何继续办，成为需要认真对待的问题。此时，高等学校已连续四年没有招生，除了一部分学生被分配工作之外已有四届毕业生没有离校，学校内部因搞运动，人心惶惶，各有派性，原有的教学、科研和生活秩序全都遭到破坏。根据这种情况，中央有关部门和北京市，对北京的高等学校做出了大批迁出北京，大批停办，只保留一小部分的决策，使北京市高校经历了一次大规模的调整变动。
1969年10月26日，中共中央发出《关于高等院校下放问题的通知》。《通知》说：为了“认真搞好斗、批、改，加强对中央各部门所属高等院校的无产阶级文化大革命和
教育革命的领导”，决定国务院各部门所属的高等院校，凡设在外地或迁往外地的，交由当地省、市、自治区领导；与厂矿结合办校的，交由厂矿领导。教育部所属的高等院校，全部交给所在省、市、自治区领导。此后，中央所属的高等院校，包括
北京大学、
清华大学在内，全部下放地方管理。部分高等院校被撤销或合并。到1971年，全国原有的434所高等院校，保留继续办的还有328所。
“文化大革命”之前的1965年，北京共有高校56所，年招生额达2.6万人，在校学生11.1万人，教职工5.7万人。其中
综合类大学3所，工程类18所，农林类5所，医学类5所，师范类3所，语文类5所，财经类5所，政法类3所，艺术类7所，体育类1所。在1969年至1970年的这场大变动中，有32所学校从北京消失，占1965年学校总数的56%。
1969年，
北京市原有的56所高校中，有13所被迫外迁，其中以农林地矿油水电院校为主，这13所院校中多数成立于1952年院系调整或1958年，
北京石油学院、北京农业机械化学院、
北京地质学院、
北京矿业学院、
北京林学院为“
八大学院”中的五所高校。在京校外迁过程中，13所学校进入了动荡、颠沛流离状态。在仓促的搬迁中，仪器、图书资料、标本、教学文档等损失惨重。
改革开放后，这13所高校，一部分在北京复校，如
北京农业大学、
北京铁道学院、
北京轻工业学院；一部分两地办学，原址北京
研究生部成立另一个办学实体，如
北京地质学院、
北京石油学院、
北京矿业学院、
北京电力学院；还有一部分在地方扎根，原北京研究生部并入或组建其他高校（中科大除外），如
中国科学技术大学、北京机械学院、
北京水利水电学院；另有北京轻工业学院，主体迁至陕西
咸阳更名西北轻工学院（今
陕西科技大学），北京原址重建北京轻工业学院。
（注：后三所院校在北京校址成立北京研究生部，后并入或组建北京市其他高校，北京机械学院研究生院组建北京机械学院，后合并为北京信息科技大学；华北水利水电大学北京部分并入北京工业大学）