亚种群是种内个体在地理和生态上充分隔离后所形成的群体，它有一定的形态、生理、遗传特征，特别有不同的地理分布和不同的生态环境，所以也称“地理亚种”。这一概念一般多用于动物分类，在植物分类上比较少用。例如，我国的家蝇就有两个亚种，一个是西方亚种群，其雄蝇两眼间距离较宽分布在新摄和甘肃西部的某些地区；另一个是东方亚种群，其雄蝇两眼间距离较窄，分布在我国其他广大地区。

大多数种群结构研究从概念上讲都来自Wright F统计的应用，它分别测量可能的亚种群内和亚种群间的遗传多样性分化。

近来这种概念发展成通过样品大小获得非偏差估算的方法，并且能适用于依据无限等位基因或逐步模型突变的遗传标记。通过输人从研究地点来集个体样品的基因型数据，统计学运算可采用各种易于掌握的电脑程序来进行。当亚单位隔离屏障不能马上显现时，一个有用的入手点则是估算在递增尺度的范围内的 (Goudet et al, 1994)。岩螺(Nucella lpillus的研究就很好地应用了这种方法。这些生活在西欧海岸线附近多石潮间带的腹足纲软体动物以贻贝和藤壶(口蚶)为食，个体移动距离非常短，并且没有浮游幼虫阶段。沿英国南部海岸，间距 到 采集了15个地点的样品，对8个等位酶位点进行了分析，所有采集点的平均 是0.33，表明了该物种高分化的种群构成，但并设揭示其分化的细节。 表明在同类群之间只因遗传漂变作用。

即产生遗传分化使之存在着充分的亚结构 被解释为起着聚集(库)阶段的作用(图2)，反映出聚集阶段3-4和超出阶段7之间的明显过渡。

的突然增加被解释成试图找到看上去是独一单位而实际上不止一一个亚种群。此例中这个转变暗示总蔽区亚种群在遗传上不同于更暴露区的那些，同时在大尺度上两个隔离海湾地区的种群也被区分开来。

基于模型方法解决种群或亚种群的归属问题已得到发展并变得更加强有力。在其中一个模型中，每一个亚种群被假定具有一组在Hardy-Weinberg平衡下的等位基因遗传型频率，模型寻求提炼出满足这个预期值最大可能数量的簇( Pritchard et al,2000)。有一例Taita鸫(Turdus helleri) 的研究采用了这种方法，在对肯尼亚4个样地的样品进行7个微卫星位点基因型的分析中，有效地推断出有3个不同的亚种群存在;而用另一方法分析鸫的数据，包括树形聚类程序，却产生远不及此明了的结果。这类经验研究降低了对种群结构预期的要求，并可继续后来的分析，如同类群之间的迁移假定，以便继续深人到比其他可能性更合理的基础部分。