中华人民共和国云南出入境边防检查总站，前身为云南省公安边防总队（武警云南省边防总队），是国家移民管理局垂直领导管理机构，为正局级，加挂“云南省公安厅边境管理总队”牌子，2019年1月由原武警云南省边防总队转改组建。

2019年1月1日，中华人民共和国云南出入境边防检查总站集体换装仪式在昆明举行。

依据有关法律法规履行下列职责：

（一）组织领导所属出入境边防检查站实施出入国（边）境人员、交通运输工具出入境边防检查，口岸限定区域管理，审核签发外国人临时入境许可，实施边控工作，防范查处非法入出境活动。

（二）组织领导所属边境管理支队实施进出边境管理区人员、交通运输工具检查管理，边境地区治安、户籍管理，边境地区出入境通行证等签发管理，防范查处非法入出境活动，侦办妨害国（边）境管理犯罪案件，协助查处边境地区其他刑事犯罪活动。

（三）接受国家移民管理局党组的领导管理，认真贯彻执行党的理论和路线方针政策，对所属机构和队伍履行政治领导、组织管理责任，对本单位党的建设负主体责任。

（四）完成国家移民管理局交办的其他任务。

云南出入境边防检查总站内设机构包括：办公室、边防检查处、边境管理处、调查处、法制处、指挥中心、信息科技处、政治处、后勤保障处、纪检督察处。

下设4个直属单位和1个事业单位，分别是轮训大队、技术保障队、数据研判室、昆明警犬训练基地和警务保障中心（事业单位）。

云南出入境边防检查总站下辖16个出入境边防检查站和8个边境管理支队：

中华人民共和国昆明出入境边防检查站

中华人民共和国瑞丽出入境边防检查站

中华人民共和国河口出入境边防检查站

中华人民共和国畹町出入境边防检查站

中华人民共和国磨憨出入境边防检查站

中华人民共和国天保出入境边防检查站

中华人民共和国金水河出入境边防检查站

中华人民共和国景洪港出入境边防检查站

中华人民共和国西双版纳出入境边防检查站

中华人民共和国腾冲出入境边防检查站

中华人民共和国打洛出入境边防检查站

中华人民共和国清水河出入境边防检查站

中华人民共和国马关出入境边防检查站

中华人民共和国勐康出入境边防检查站

中华人民共和国丽江出入境边防检查站

中华人民共和国芒市机场出入境边防检查站

云南出入境边防检查总站文山边境管理支队（文山壮族苗族自治州公安局边境管理支队）

云南出入境边防检查总站红河边境管理支队（红河哈尼族彝族自治州公安局边境管理支队）

云南出入境边防检查总站普洱边境管理支队（普洱市公安局边境管理支队）

云南出入境边防检查总站西双版纳边境管理支队（西双版纳傣族自治州公安局边境管理支队）

云南出入境边防检查总站临沧边境管理支队（临沧市公安局边境管理支队）

云南出入境边防检查总站德宏边境管理支队（德宏傣族景颇族自治州公安局边境管理支队）

云南出入境边防检查总站保山边境管理支队（保山市公安局边境管理支队）

云南出入境边防检查总站怒江边境管理支队（怒江傈僳族自治州公安局边境管理支队）

（8个边境管理支队加挂公安局边境管理支队牌子）。

总站长、党委书记：徐立

政治委员、党委副书记：吴勇军

2021年4月，云南出入境边防检查总站红河边境管理支队平河边境派出所被授予“云南省脱贫攻坚先进集体”称号。

2022年2月，云南出入境边防检查总站法制处入选2016-2020年全国普法工作先进单位。

2022年4月，云南出入境边防检查总站畹町出入境边防检查站执勤队女子执勤组入选2022年云南省三八红旗集体拟表彰对象公示名单。

2022年4月21日，云南出入境边防检查总站普洱边境管理支队勐啊边境派出所、云南出入境边防检查总站德宏边境管理支队执法调查队入选全国优秀公安基层单位拟表彰名单。

2022年4月21日，云南出入境边防检查总站西双版纳边境管理支队打洛边境派出所入选全国公安机关爱民模范集体拟表彰名单。

2022年5月，云南出入境边防检查总站怒江边境管理支队独龙江边境派出所入选“全国模范公安单位”表彰对象名单。

2024年7月30日，记者从“高效促发展·忠诚守边关”——云南出入境边防检查总站服务高质量发展暨“三项创建活动”成果报告新闻发布会获悉，今年上半年，云南出入境边防检查总站服务出入境人员1175.5万人次，同比增长228%；查验交通工具185.5万辆（架、艘、列）次，同比上升53.8%。