中国南海研究协同创新中心是首批国家协同创新中心之一，由南京大学牵头，在外交部、海南省、国家海洋局的支持下，联合中国人民大学、海军指挥学院、中国南海研究院、四川大学、中国科学院、中国社会科学院等单位成立，2012年10月正式揭牌，目标是打造综合研究南海问题的中心平台。

一个综合研究南海问题的高端智库———“中国南海研究协同创新中心”于2012年10月10日在南京大学揭牌。教育部副部长李卫红，海军指挥学院院长沈金龙，海南省委常委、组织部长李秀领，南京大学党委书记洪银兴、校长陈骏，国家海洋局原局长孙志辉，中国人民大学副校长杨慧林等出席仪式。仪式由南京大学常务副校长张荣主持。

中国南海研究协同创新中心将依托南京大学地理信息、海洋海岛研究、边疆史学、国际关系、文献情报等方面的多学科优势，协同国内外相关研究力量，通过创新机制的改革，带动南海问题的研究，为国家有关部门提供基础信息与决策支持服务。中国科学院院士、南京大学地理与海洋科学学院教授王颖出任中心主任。

南海法律与国际关系研究平台

南海史地与文化研究平台

南海周边国家政治经济社会研究平台

南海环境资源研究平台

南海动态监测与形势推演平台

南海地区航行自由与安全合作研究平台

南海舆情监测与国际交流对话平台

南海问题政策与战略决策支持平台

2012年10月10日，中国南海研究协同创新中心培育启动仪式在南京大学举行。

2013年1月28日，通过了教育部、财政部的专家初审。

2013年3月8日，通过了教育部、财政部的会议答辩，成为首批17个通过单位之一。

2013年4月11日，通过了最终专家认定，成为首批14家国家协同创新中心之一。

国内多名南海研究领域的著名学者聚焦海洋资源和海疆权益，从各个学科角度阐述学术观点、学界立场。　打破各学科以及高校与其他创新主体间的壁垒，取长补短。积极探索创建不同于现有南海研究的新模式，使各有优势的主体通过协同产生新的优势和能量。