中国南海研究院位于海南省海口市江东新区，是以南海为专门研究对象并从事相关学术交流的专业学术研究机构。其前身是创立于1996年的“海南南海研究中心”。2004年7月，经国务院批准，“海南南海研究中心”正式更名为“中国南海研究院”，由此迈入新的发展阶段。为进一步拓展南海研究事业，加强和完善学术网络建设，2013年1月研究院成立“中国南海研究院北京分院”。2016年3月，“中国-东南亚南海研究中心”正式成立，是第一家在我国境内设立的以南海为研究对象的国际合作研究机构。2017年6月，研究院与武汉大学中国边界与海洋研究院被纳入国家高端智库培育名单。

1996年2月，经海南省人民政府批准，海南南海研究中心成立。但由于当时条件所限，研究中心成立之初，只是挂靠在海南省外办新闻处的一个内设研究机构，没有编制、没有专职研究人员，仅有一块钢镌的牌子、一张手绘的北部湾地图和一台电脑，呆在当时不足20平米的办公室里。

随着南海问题逐步升温，其学术研究的重要性越来越得到有关方面的重视。2002年，得到4个专职编制。但国内南海研究队伍“老、散、偏”(即研究队伍老化、力量分散、偏重历史学科)的问题并未得到根本改观。

2004年7月8日，经国务院批准，海南南海研究中心正式更名为中国南海研究院，升格为正厅级事业单位，在政策和业务上接受中华人民共和国外交部和国家海洋局的指导。

2013年1月，研究院成立“中国南海研究院北京分院”。2023年11月，中国南海研究院获批海南省哲学社会科学重点实验室，南海态势监测与治理重点实验室授牌成立。2024年9月，中国南海研究院和海南省社会科学界联合会联合主办中国（海南）—东盟2024智库论坛。

研究院下设“四所”、“一部”、“一办”、“一分院”、“一基金会”：

海洋法律与政策研究所：研究国际国内海洋法律、政策与实践；南海史地、法理与争端解决机制；周边国家的南海政策及取向。下设世界海军研究中心。

海洋经济研究所：研究国际海洋经济发展战略及体制；南海资源的开发、利用与保护；地方海洋经济发展规划与保障机制。

海洋科学研究所：研究国际海洋科学领域的动态与进展；海洋划界中的科学问题；南海资源环境评价及数字化南海开发与管理。

海上丝绸之路研究所：研究21世纪“海上丝绸之路”建设的总体战略规划；中国—东盟总体关系；海洋地缘政治和经济。下设海南自贸区（港）研究中心。

对外交流部：负责科研管理、开展与国内外学术机构的学术交流，承办各类学术会议，编辑出版学术成果等工作。

办公室：负责行政事务及人事、日常文秘、财务、后勤管理等工作。

中国南海研究院北京分院。

海南南海研究基金会。

中国南海研究院是以南海为专门研究对象并从事相关学术交流的专业学术研究机构。其研究领域主要包括：

南海史地及南海诸岛主权；

南海地缘政治及周边国家南海政策；

国际法在南海问题上的适用；

和平解决南沙争端的方案与对策；

南海资源合作开发、利用与环境保护；

海洋经济发展战略及体制机制；

21世纪海上丝绸之路建设；

亚太国家军事力量；

泛南海经济合作与海南自由贸易区（港）建设；

海南地方经济社会发展研究等。

院长：王胜

副院长：奚劲松、孙彦、韩晶磊

中国南海研究院已与美国、英国、澳大利亚、日本、韩国、新加坡、印尼、马来西亚、菲律宾和中国台湾等全球二十多个国家和地区的近百家知名智库建立了合作关系和学术联系，并通过联合举办学术研讨会、专题讲座、闭门会议、开展联合课题研究、联合培训、学者互访等形式合作。

经过多年的探索和发展，中国南海研究院已经形成了跨学科的南海研究学，在南海史地、地缘政治、地区安全、国际法、外国军力、21世纪“海上丝绸之路”建设、海南自贸区（港）建设等领域取得了一系列重要的学术成果，创立了“数字南海”、“南海文献专业数据库”、《两岸南海地区（年度）形势评估报告》、“民国南海档案”、外国军力报告等一批享誉国内外的学术品牌。

主要出版物：《南沙争端的起源与发展》《海疆声音—吴士存南海问题热点问题应答选编》《美国在亚太地区的军力报告（2016）》《中国视角：解决南海争端，推进地区合作发展》（Solving Disputes for Regional Cooperation and Development in the South China Sea: A Chinese perspective）《中菲南海仲裁案》（Arbitration Concerning the South China Sea: Philippines versus China）《南沙争端的起源与发展（日文版）》（中国と南沙诸岛纷争-问题の起源、経纬と「仲裁裁定」後の展望，花伝社）《日本军力报告（2018）》等。