中华人民共和国深圳海关，简称“深圳海关”，是由中华人民共和国在深圳口岸设立的进出境监督管理机关，是直属于中华人民共和国海关总署的海关。

清光绪十三年（1887年），中华人民共和国深圳海关的前身“九龙关”在香港成立，它既是清政府对外不平等条约的产物，也是赫德利用不平等条约侵夺两广总督和粤海常关民船贸易税收权力的产物。

清光绪二十四年（1898年），清政府被迫与英国签订《中英展拓香港界址专条》，将九龙半岛及附近海域租借给英国。至此，九龙关除了总关及鸦片验征工作仍保留在香港境内外，其他在租借地内的关卡陆续后撤，在新划定的边界上，先后设立了13个关厂。

清光绪二十五年（1899年），九龙关改名为“九龙新关”。

1949年2月，中国共产党地下党员林大琪与关内的中共地下党员李国安、黄昌燮等，成立了“护产小组”。负责保全沙深宝边境各关和私货仓以及香港总关、港九三支关的财产，做好“保护关产，迎接解放”的准备。

1949年10月8日，九龙关缉私税务司史铎士（英籍）偕随行人员到白石洲支关视察边境情况，被该支关关警扣留。事件发生后，九龙关总关税务司经蔚斐（英籍）找到“护产小组”负责人黄昌燮；10月14日下午，黄昌燮联系经蔚斐，与中国共产党方面的代表黄作梅谈判。当晚，双方口头定下8条投诚协定，包括保证起义人员生命安全、九龙关内的财产和文件档案不能转移等。10月15日晚，经蔚斐声称接到大铲支关急电：国民党军队要把大铲支关的缉私艇强行拖走。于是，“护产小组”采取缓兵之计，将船艇开回香港。在游击队的配合之下，边境各关卡的全部关产被完整无损地保存了下来。

1949年10月21日，原国民党政府九龙关一千多名员工，宣布起义，沙深宝军事管制委员会顺利接管了九龙关缉私总部，总部和边境各支关同时升起了中华人民共和国国旗，并宣告断绝与前海关总税务司署的关系，接受中华人民共和国海关总署的领导，并保护好全部资金和海关财产；11月15日，广州市军管会沙深宝分会命令，成立九龙关接管委员会，接管九龙关及其所属机构。九龙关被接管后，原在港的机构以“九龙关驻香港办事处”的名义继续保留在香港，总关则改设在深圳。

1950年1月28日，根据中华人民共和国海关总署关于改订全国海关名称的决定，广州市军管会海关处发出命令，“九龙关”改名为“中华人民共和国九龙海关”，其“九龙”关名，意在表明中华人民共和国对香港拥有主权，香港是中国领土不可分割的一部分。

1980年6月17日，中共广东省委下达文件，正式确认“中华人民共和国九龙海关”为起义单位。

1997年7月1日，中国香港回归祖国，“中华人民共和国九龙海关”更名为”中华人民共和国深圳海关”，时任中华人民共和国总书记江泽民同志亲笔题写“中华人民共和国深圳海关”的新关名，结束了“九龙海关不在九龙的日子”。

2008年10月，中华人民共和国深圳海关的办公地址由深圳市罗湖区和平路1087号迁出，并迁入位于深圳市福田区深南大道2006号的新办公大楼。

中华人民共和国深圳海关是受中华人民共和国海关总署直接领导，其职能包括：依法对经深圳口岸和惠州口岸进出境的货物、运输车辆、行李邮递物品进行监管；征收关税和其它法定由海关征收的税费；查缉走私；开展出入境检验检疫；编制贸易统计并办理其他海关业务。管辖范围为广东省深圳市、惠州市的各项海关管理工作。

据2021年12月中华人民共和国深圳海关官网显示，该机关位于广东省深圳市福田区深南大道2006号，深南大道与彩田路的交汇处。

据2021年12月中华人民共和国深圳海关官网显示，该机关共设有31个隶属海关单位，其隶属海关主要信息如下表。

据2021年12月中华人民共和国深圳海关官网显示，该机关共设有22个内部机构，其机构主要信息如下表。

据2021年12月中华人民共和国深圳海关官网显示，该机关共设有所属事业单位10个，如下表。

据2021年12月中华人民共和国深圳海关官网显示，该机关共设有总署委托管理事业单位1个，如下表。

2015年1月，为迎接国际海关日，中华人民共和国深圳海关了举行“海关开放日”活动，近200位深圳市民、人大代表、政协委员、企业代表及媒体记者参观了深圳海关陈列馆。

2019年4月，中华人民共和国财政部深圳监管局专员办第三党支部与中华人民共和国深圳海关财务处党支部共同开展党建活动，活动中组织党员干部参观深圳海关陈列馆，增强党员干部的党性意识和服务意识，以实际行动促进党建工作与业务工作相互融合。

2020年1-8月，中华人民共和国深圳海关累计为205家企业延期缴税22.4亿元，暂缓航空运输企业每月租金申报纳税2600万元，减免滞纳金5339.58万元，指导364家企业申请关税商品市场化排除编码；其中以综合保税区为主体的海关特殊监管区域进出口达4342.8亿元，同比增长11%，以占深圳市不足0.5%的面积贡献了深圳外贸总值的两成以上。（《光明日报》 评）