1853年3月19日，东王
杨秀清由水西门乘轿入南京后，初住聚宝门内清江宁藩署（今瞻园）三日，系一立东王府。未久，迁往明故宫驻防城清江宁将军署，为二立东王府。清
顺治年间，清廷将明初的宫室改建为八旗兵的驻防城，又在午门外新建江宁将军署，在其东南建江宁都统署。 据《
江宁府志》载，将军署内有大小官员125人，炮手等大小甲兵4660名。将军署建筑豪华，加之有景色宜人的花园，因此，清康熙皇帝南巡江宁时，曾以将军署作行宫。东王杨秀清选中将军署做东王府后，“尽收入署外隙地”，又放宽围墙，扩大王府范围，并在内兴造一座五层高楼，以了望东郊外敌军虚实。后因王府邻近孝陵卫的清江南大营，不断受到炮火的袭击，东王决定将王府再迁他处。东王部属先选定聚宝门内上江考棚，还决定将邢家花园连成一个整体。动工不久，东王亲来一看，很不满意，急令移地别处。最后，选定了汉西门内地势较高的黄泥岗上虎贲仓前街山东盐运使何其兴宅，是为最后定居。东王府址既定，东王命男女千人往明故宫拆运砖石，大兴土木，“凡黄泥岗一带并南首罗廊巷等处民房，皆被拆毁”，“盛营宫室”。王府四周筑了高大黄色围墙，宽三尺余，高二丈，以碎磁布墙顶，防人攀越。据史料判断，东王府北至虎贲仓（包括今解放军某部被服厂），今汉中路西段；南至侯家桥、华藏庵（明宣德年间创建）、罗廊巷、牌楼巷；西至石鼓路西，汉西门大街、堂子街边口；东至汉中路东端，黄鹂巷（包括今南京工艺装配厂），约有六七里范围。东王又将不远的龙蟠里“惜阴书院”，改为别墅，也是东王府的一个组成部分，东王曾由此到清凉山看戏。东王府大门前兴建了一座高大门楼，约有五、六号门面宽，门外另有一座四五丈高的五层“望楼”，四柱密钉铁蒺藜，远在浦口的敌楼均能见之。大门外尚有大炮数门，早晚鸣放，十分威风。太平天国向以黄、红二色为尊贵，因此，内外多饰黄、红二色。东王府大门口用黄纸朱书“东王府”匾，门上有铜环，并糊黄缎，饰以彩色龙、虎形象。大门前有一彩棚，也以黄、红绸绉覆盖，显得分外威严壮观。大门外设大鼓一面，专供民间告状之用，“有事无论大小，皆于门前击鼓，内中即有妇女（女官）出问”。这是一种整饬社会风气和军纪的重要措施。太平天国尊重民间传统风俗，喜爱贴门联。这不仅是为了图吉利，重要的是烘托自己特殊地位。东王府头门有对联：东国诸侯，替天行道，王畿千里，顺地无疆。重门即二门的对联显得更加威严，它是：位冠百了，肇启天朝新日月，职司左辅，宏开景运大乾坤。另一幅是：东风解冻，暖回阳谷之春；王泽敷天，普锡群黎之福。东王府内室以外设方厅各一，东曰“承宣厅”，西曰“参护厅”，均为传令官办公处所。另有东殿尚书挂号所。王府附近还有“侍从馆”（即参护厅），负责武装保卫东王府。
天京事变发生时，他们“闻变各持械出”，准备保卫东王及东王府。东王不仅扩充外厅，还大力“改造其内室”。整个工程是“穷极工巧，骋心悦目”，室内窗棂涂黄漆，“望板画龙凤”，桌椅涂黄漆，连铺垫也用黄缎。府内还“有美丽的壁画”。听事处为船房，两面嵌玻璃，内室设王座。《天京录》云：“东府土木冠绝天京，亭园亘数里，有紫坞花木环互，鱼鸟骈罗相对。起高楼曰多宝，藏金石彝器，书画甚富。”东王又在山下开掘五丈宽、一丈深的长方水池，在池心建亭，池旁修水榭堆假山。东王府下属有六部尚书72人，承宣24人，仆射32人，参护（即牌刀手）1600人，主持东王府生活起居和仪仗等。东王府共有典官和差役等人员3557人，可能大多住在东王府内及其附近，直接为东王服务。据《贼情汇纂》载，在东王府内办公的知道的有：东殿吏部一尚书李寿春（广西贺县人），专在东王府头门接发文书，住于侯家桥广东粮道易长华宅。东殿吏部二尚书侯谦芳与李寿春同住。东殿吏部三尚书侯淑钱，住东王府之西的汉西门大街。还有金陵女子代东王批签公文的东殿女簿书傅善祥，以及许多书手均住于东王府内。东王府蔚然壮观，是太平天国的宏大建筑之一。1856年9月，东王被谋害，东王府被焚毁。当时一个目睹东王被害、东王府被烧毁的英国人格列门治无限感慨地说：“东王府全部被毁而成为瓦砾场，似乎是有意不许有些少数逆迹及逆种之存留，以致所有其亲戚、朋友、部下等皆被杀绝，而其房屋品物皆被毁灭。”东王府仅存在三年多，各项建筑早已荡然无存。时隔近一百三十年的今天，东王府遗址还留有原名虎贲仓、黄鹂巷、罗廊巷、侯家桥、华藏庵等地名。