专用基金结余（surplus of special purpose funds）是各级
总预算会计管理的
专用基金收入和支出年终相抵后的
差额，是财政三项结余的一种。属于各级财政部门的
净资产。
专用基金结余属于各级财政部门的
净资产，专用基金结余每年结算一次。年终
财政部门将
基金预算收入与
基金预算支出相抵后，即为当年的专用基金结余。当年专用基金结余加上上年年末专用基金结余为本年年末滚存专用基金结余。
1、
财政部1997年6月颁布的《
财政总预算会计制度》设置“专用基金结余”科目对专用基金结余进行核算。本科目用于核算
总预算会计管理的
专用基金收支的年终执行结果。
2、年终转账时，财政部门将全年的“
专用基金收入”科目的期末贷方余额转入“专用基金结余科目”的贷方，即，借记“专用基金收入”科目，贷记“专用基金结余”科目；
将全年的“
专用基金支出”科目的末
借方余额转入“专用基金结余”科目的借方，即借记“专用基金结余”科目，贷记“专用基金支出”科目。
专用基金是指事业单位按照规定提取或者设置的有专门用途的资金。
（二）
职工福利基金，即按照结余的一定比例提取以及按照其他规定提取转入，用于单位职工的集体福利设施、集体福利待遇等的资金。
（三）
医疗基金，即未纳入公费医疗经费开支范围的事业单位，按照当地财政部门规定的公费医疗经费开支标准从收入中提取，并参照公费医疗制度有关规定用于职工公费医疗开支的资金。