医疗基金是指未纳入公费医疗经费开支范围的事业单位，按当地财政部门规定的公费医疗经费开支标准，从收入中提取，并参照公费医疗制度有关规定用于职工公费医疗开支的资金。
核算
提取额 = 职工人数 X 提取标准(财政核定的预算定额)
提取医疗基金时，借记“事业支出——社会保障费”、“经营支出——社会保障费”等科目，贷记“专用基金——医疗基金”科目。
例如：某事业单位未纳入公费医疗经费开支范围，从事专业业务及其辅助活动的人员计300人，从事生产经营活动的人员计100人，按当地财政部门确定的公费医疗经费人均年度预算定额标准200元提取医疗基金。
事业支出中应提医疗基金数额=300×200=60000(元)
经营支出中应提医疗基金数额=100×200=20000(元)
借：事业支出——社会保障费60000
贷：专用基金——医疗基金80000