核内不均一RNA，在真核细胞的细胞核内可以分离出一类含量很高，分子量很大但不稳定的RNA，称为核内不均一RNA（heterogeneous nuclear RNA,hnRNA），其平均分子长度为8-10Kb，长度变化的范围从2Kb左右到14Kb左右，比mRNA的平均长度（1.8-2Kb）要大4-5倍。

hnRNA仅有大约总量的1/2转移到细胞质内，其余的都在核内被降解掉。

hnRNA的结构有以下特点：

(1) 5′端有帽子结构；

(2) 3′端有poly（A）尾巴；

(3) 帽子结构后有3个寡聚U区，每个长约30nt；

(4) 有重复序列，位于寡聚U区后面；

(5) 有茎环结构，可能分布于编码区（非重复序列）的两侧；

(6) 非重复序列中有内含子区。

人们经分析认为它是mRNA的前体，证据是：

(1) hnRNA和mRNA有相同的序列。用小鼠核内hnRNA分离出的1.5Kb（15S）的RNA分子和10Sβ-珠蛋白mRNA分别与小鼠的b-珠蛋白基因都可进行分子杂交，形成R环。实验结果表明hnRNA中存在与mRNA相同的序列，但比mRNA更为复杂。此是hnRNA是mRNA前体的最有力的证据。

(2) hnRNA在体外能作为模板翻译蛋白，这也是hnRNA的mRNA前体的直接证据；

(3) 两者5′端都有帽子结构，其它的RNA分子（除成熟的snRNA）和前体都没有这种特殊的结构。

(4) 两者的合成同样不为低剂量放线菌素D所抑制，但能被高剂量所抑制，表明两者为相同的聚合酶所合成。

(5) 两者的3′端都有多聚腺苷有尾巴，这也是其它的RNA分子所没有的。

根据以上证据表明：hnRNA和mRNA之间关系密切，不说全部的hnRNA，至少是部分hnRNA是mRNA的前体。但由于它已有5′帽结构和3′poly（A）尾巴，所以它不可能是初始转录本，而已经通过初步的加工。在上述的分子杂交中可以观察到β-珠蛋白的15S RNA与DNA杂交形成的环是完全互补的，而10S RNA与DNA的杂交DNA出现了双链的环，这表明15S RNA尚未切除内含子，和DNA一样，所以可完全互补，而10S RNA是已切除内含子的mRNA，它和DNA杂交时可使内含子区域环出。由此可见hnRNA虽已加帽，加尾，但尚未切除内含子。采用Berk和Sharp作图法也可证实免疫球蛋白轻链前体上含有间插序列。