1.细菌的细胞中含有细菌的遗传信息核酸
DNA和
RNA，当核酸被紫外线照射时会大量地吸收紫外光，从而就会在体内形成一部分的
间二氮杂苯( 主要构成为蛋白酶) 和间二氮杂苯的
异构体。这种物质会使细菌自身的
新陈代谢机能出现障碍，并且会导致细菌的遗传性出现问题。而持续的紫外线照射，最后就会导致因为上述原因所造成的细菌群体的死亡。
2.紫外光除了杀菌的用途外，也可用于让微生物降低自身的“活动性”，有些细菌在可见光的照射下是比较活跃的，我们称之为“光恢复”特性，也就是说，在波长为300 ～500nm的可见光下，细菌自身有一种光恢复酶素会让
细菌种群变得很活跃，自身会大量繁殖。所以，当需要控制这种细菌的数量及种群时，则可以考虑用微弱的紫外线进行照射，将细菌的数量控制在一定范围之内。
1.在我国目前污水厂紫外消毒系统招标中，有些污水厂由于大量工业污水的导入，使得排放的污水色度加深，但招标文件中的污水紫外透射率参数仍采用国外提供的数值，造成与国内污水实际情况差别很大，为将来紫外设备的运行达到消毒要求，留下了难以克服的障碍。
2.一些国产不合格的UV灯不能提供剩余的消毒能力，当处理水离开反应器之后，一些被紫外线杀伤的微生物在光复活机制下会修复损伤的
DNA分子，使细菌再生。
3.
石英套管外壁的清洗工作是运行和维修的关键。当污水流经
紫外线消毒器时，其中有许多无机杂质会沉淀、粘附在套管外壁上。尤其当污水中有机物含量较高时更容易形成污垢膜，而且微生物容易生长形成生物膜，这些都会抑制紫外线的透射影响消毒效果。